Został wzniesiony w latach 1498–1499 za panowania króla Jana Olbrachta w obawie przed najazdem wołosko-tureckim zagrażającym Krakowowi po klęsce bukowińskiej. Inspiracją do tej decyzji były dwa barbakany w Toruniu (Starotoruński z 1429 r. i Chełmiński z 1449 r.), których możliwości obronne skłoniły króla do budowy „takowej fortalicji” w Krakowie. Jan Olbracht osobiście położył tam kamień węgielny pod budowę i przekazał na ten cel 100 grzywien.

W 1816 senator Feliks Radwański w swoim „Votum oddzielnym” w obronie Barbakanu i Bramy Floriańskiej przed wyburzeniem użył m.in. argumentacji, iż do pozbawionego tych fortyfikacji centrum miasta wtargną silne wiatry północne i północno-zachodnie, narażając mieszkańców na częste fluksje, reumatyzmy, a może i paraliże. Tymczasem dekret cesarski wydany w Wiedniu jeszcze w roku 1806 zalecał zburzenie warowni właśnie ze względów sanitarnych i zdrowotnych. Ostatecznie zwyciężyły argumenty Radwańskiego[1].

W roku 1910, w związku z obchodami 500-lecia zwycięstwa pod Grunwaldem, powstał projekt umieszczenia w Barbakanie Panoramy Grunwaldzkiej, której autorami mieli być Jan Styka i Tadeusz Styka. Artyści przyjechali z Paryża do Krakowa specjalnie w tej sprawie jeszcze w 1909 roku, aby przedstawić szkice panoramy Komitetowi Grunwaldzkiemu. Wydali też broszurę pt. „Grunwald w Rondlu Bramy Floriańskiej”. Pomysł wywołał ożywioną dyskusję, której echa można znaleźć m.in. w utworach Boya pisanych do Zielonego Balonika. Sprawę panoramy w Barbakanie ostatecznie rozstrzygnęła urzędująca w Wiedniu Centralna Komisja do spraw opieki nad zabytkami, odmawiając zgody na to przedsięwzięcie. Negatywną decyzję motywowano obawą przed narażeniem historycznej budowli na uszkodzenie. Tzw. Diorama Grunwaldzka, Tadeusza Popiela i Zygmunta Rozwadowskiego, była eksponowana w specjalnie zbudowanym drewnianym budynku na placu św. Ducha[2].

Na Barbakanie znajduje się płyta poświęcona Marcinowi Oracewiczowi. Jak głosi legenda, podczas konfederacji barskiej, gdy zabrakło mu amunicji przy obronie Krakowa, nabił karabin guzikiem od czamary i zabił rosyjskiego dowódcę Panina.

Obecnie Barbakan jest oddziałem Muzeum Historycznego Miasta Krakowa. Wykorzystywany jest jako miejsce ekspozycji wystaw, jako arena walk sportowych (np. mistrzostw Polski w szermierce) bądź historyzowanych walk rycerskich i tańców dworskich.

Są także organizowane przez Muzeum Historyczne Miasta Krakowa projekcje filmowe pod nazwą BarbaKino – średniowieczne kino letnie w Barbakanie[3].