Pierwsza wzmianka o wieży ratusza pochodzi z 1383. Obecna wieża została zbudowana na początku XV wieku, ale nie później niż w roku 1444[1]. W 1434 prace przy wieży prowadził kamieniarz Jan z Torunia. Wieża był pokryta ołowianą blachą malowaną na zielony kolor.

W 1524 roku na wieży zamontowano sprowadzony z Norymbergi zegar[2]. W 1556 odnawiano hełm wieży po pożarze.

24 maja 1680, w wyniku uderzenia pioruna w wieży wybuchł kolejny pożar, w wyniku którego spłonął hełm wieży, zegar, stopił się dzwon, a sama wieża wypaliła się do połowy[3]. Po pożarze powołano komisję do oszacowania strat, której przewodniczył architekt i jezuita Stanisław Solski. Wtedy wybudowano zachowaną do dziś szkarpę od strony zachodniej. Odbudowę wieży w latach 1683[4]-1686 prowadził królewski architekt Piotr Beber. Podwyższył on wieżę, zaprojektował nowy hełm w stylu barokowym[5], ale już bez zegara. Praca królewskiego architekta nie była chyba zbyt solidna skoro w 1702 odnotowano, że hełm wieży „był w ruinie”[6]. Barokowe zwieńczenie wieży przetrwało jednak do 1783 roku. Wówczas rozebrano walący się, zrujnowany hełm i zastąpiono go, ufundowanym przez biskupa Kajetana Sołtyka i króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, skromniejszą wersją wcześniejszego hełmu. W 1713 roku wzmiankowano, że wieża ratusza grozi bliską ruiną, w związku z tym przemurowano część ścian, a w latach 1779-1780 usunięto gotyckie wykusze[1]. W tym czasie powstał także wybudowany przy wieży odwach ratuszowy, który w różnych formach przetrwał do 1946 roku.

1 marca 1817 na posiedzeniu Zgromadzenia Reprezentantów Wolnego Miasta Krakowa podjęto decyzję o zburzeniu części gmachu ratusza, w której znajdował się spichlerz. W końcowej części uchwały czytamy: Wieża jednak ratuszowa, miejsce dla głównej warty, czyli hauptwach i korpus starego ratusza od strony wieży ma pozostać w całości. W roku 1820 przystąpiono do rozbiórki spichlerza, w wyniku której zarysowały się mury właściwego ratusza, co w konsekwencji doprowadziło do zburzenia całego gmachu. Pozostała tylko wieża. Wkrótce i nad nią zawisło poważne niebezpieczeństwo. W roku 1821 na łamach „Pszczółki Krakowskiej” ukazał się artykuł Soczyńskiego, senatora Wolnego Miasta Krakowa, pt. Myśl o upięknieniu Krakowa, w którym postulował on wyburzenie wieży. W artykule czytamy m.in.: ...ten gotyk zegarowy, któren sam przez się jako mało wart pozostać nie może, a chęć użycia go czy to końcem wzniesienia budowli nowej, czy też połączenia z Hallą nabawiłby i niezmiernych kosztów i nieprzyzwoitości, śmiesznością lub niesmakiem mniej wykraczających. Pomysłu tego nie zrealizowano, dzięki czemu wieża pozostała w dalszym ciągu jedyną pamiątką po dawnym ratuszu. Józef Muczkowski po latach napisał o niej następujące słowa: Wiek cały stała opuszczona, jak wieczny wyrzut dla wandalów, którzy ją tak haniebnie osierocili...[7][8].

W 1906 firma Stanisława Gabriela Żeleńskiego chciała ufundować na wieży podświetlany zegar do realizacji projektu jednak nie doszło. W latach 1927-1930 prowadzony był remont wieży którym kierował Franciszek Mączyński podjęto wówczas decyzję o usunięciu tynków z wieży. Podczas ostatniej renowacji wieży w latach 1962-1966 przeprowadzonej przez Wiktora Zina i Władysława Grabskiego, zrekonstruowano wykusze na wysokości pierwszego piętra i sklepienia pierwszego piętra, a także poddano konserwacji hełm i okładzinę oraz wyremontowano zasypane podczas burzenia ratusza piwnice.[2]. Obecny zegar na wieży od 2000 roku sterowany jest falą radiową odbieraną w systemie DCF77. Zapewnia mu to dokładność zgodną z atomowym wzorcem czasu.[9] Wieża jest w chwili obecnej filią Muzeum Historycznego miasta Krakowa. Na fasadzie wieży znajduje się kilka tablic pamiątkowych. Należą do nich: upamiętniająca 70- lecie odzyskania niepodległości projektu Czesława Dźwigaja oraz poświęcona papieżowi Polakowi Janowi Pawłowi II wedle zamysłu Stafana Dousy[10].