Początki Krui sięgają III w. p.n.e. i powstania miasto Zgërdhesh (Albanopolis). Współczesna Kruja została założona wyżej na zboczu wzgórza, pierwsze wzmianki o niej pochodzą z IX wieku n.e. Od XII do XIII wieku Kruja była stolicą Królestwa Arbërii, w 1396 r. została podbita przez Imperium Osmańskie. W 1433 roku Skanderbeg odbił miasto z rąk Turków i uczynił je swoją siedzibą[1].

W 1928 odbyła się tutaj koronacja Ahmeda Zogu na króla Albanii.