Kaplicę zbudował w latach 1776–1784 ksiądz Wacław Tomaszek (czes. Václav Tomášek), z pochodzenia Czech, proboszcz parafii w Czermnej[1]. W 1776 r. w skarpie koło dzwonnicy w pobliżu kościoła ksiądz Tomaszek zauważył ludzkie czaszki i kości. Wezwał grabarza J. Langera i kościelnego J. Schmidta. Razem zaczęli wygrzebywać znajdujące się płytko pod ziemią szczątki. Nie spodziewali się, że natrafią na tak dużą liczbę ludzkich kości. Były to kości ofiar wojen na ziemi kłodzkiej, prawdopodobnie z czasów wojny trzydziestoletniej, prusko-austriackiej i szerzących się po niej epidemiach cholery w XVII i XVIII w. oraz z wojny siedmioletniej (1756–1763)[1]. Szczątki te pochodziły głównie z obszaru dzisiejszego cmentarza parafialnego[2].

Ksiądz Tomaszek postanowił wydobyć wszystkie szczątki. Polecił grabarzowi i kościelnemu oczyścić, wybielić kości wraz z czaszkami i zgromadzić w kaplicy. Ten fakt oraz doznany wstrząs podczas zwiedzania w 1775 r. katakumb w Rzymie zrodził pomysł wybudowania kaplicy ossuarium. Budowę kaplicy wspomaganą przez Leopolda von Leslie rozpoczęto w 1776 r.[1] Po wybudowaniu kaplicy ks. Tomaszek z grabarzem Langerem przez blisko 20 lat zbierali w rejonie Kudowy, Dusznik i Polanicy ludzkie szczątki i gromadzili je. Prace przy wystroju kaplicy trwały do 1804 r.[1] Przejęci spotkaniem z przemijalnością świata i śmierci, ks. Tomaszek i grabarz Langer postanowili, aby 20 lat po śmierci ich szczątki też spoczęły w tym miejscu. Ks. Tomaszek zmarł w 1804 r.