Historia Gór Stołowych jest ściśle powiązana z historią ziemi kłodzkiej. Przez obszary sąsiadujące z Górami Stołowymi już w starożytności przechodziły szlaki handlowe, wzdłuż których powstawały osady. Pierwsze wzmianki o wsiach w regionie pochodzą z XIV w. Szlaków handlowych strzegły wtedy warowne grody, takie jak Zamek Homole, Náchod, Radków i Ratno. Zaczęły się wtedy wykształcać jednostki, które później określono mianami Państewko Homolskie (Duszniki, Lewin Kłodzki i okoliczne wsie), Broumowszczyzna i Państewko Náchodskie. W XIV w. zaczęto przeprowadzać kolonizację na prawie niemieckim prawo magdeburskie, w oparciu głównie o miejscową ludność pochodzenia słowiańskiego.

W I poł. XV w. na ziemię kłodzką spadły najazdy husytów, najbardziej niszczycielskie w latach 1425–1434, kiedy to np. zdobyto i spalono Radków. Stała się ona wtedy bazą dla wojsk czeskich, przez co została kilkakrotnie spustoszona i przez ponad sto lat dźwigała się z ruin. Husyci oszczędzali ludność słowiańską, przez co region Gór Stołowych ucierpiał stosunkowo mało. W 1459 r. król czeski, Jerzy z Podiebradów, ustanowił ziemię kłodzką samodzielnym hrabstwem. W 1526 ziemia kłodzka wraz z Czechami i Śląskiem dostały się pod panowanie Habsburgów. W ponadstuletnim okresie pokoju rozwinęło się tu tkactwo, sukiennictwo i papiernictwo, w Kudowie, Polanicy i Dusznikach wybudowano pierwsze obiekty zdrojowe.

W I poł. XVII w. przez Europę przetoczyła się wojna trzydziestoletnia, po której ziemia kłodzka potrzebowała kolejnego wieku na odbudowę. Następnie znów poniosła spore straty w czasie wojen śląskich, po których ostatecznie w 1763 r. została włączona do Prus. W tym czasie do ziemi kłodzkiej została włączone Kudowa z okolicą.

W XIX w. w Górach Stołowych rozpoczął się rozwój turystyki, któremu sprzyjała budowa nowych traktów komunikacyjnych (w 1890 r. linia kolejowa z Kłodzka do Szczytnej przez Polanicę, w 1902 r. przedłużona do Dusznik i w 1905 r. do Kudowy-Zdroju. W 1903 r. zbudowano linię ze Ścinawki Średniej do Radkowa, a w 1870 Drogę Stu Zakrętów[1]).

W czasie II wojny światowej na terenie Gór Stołowych nie prowadzono działań wojennych, teren został włączony do Polski po kapitulacji III Rzeszy, jednak do Kudowy Zdroju i jej okolic rościli sobie pretensje również Czesi, którzy wkroczyli na terytorium ziemi kłodzkiej, by odebrać je siłą. Po wojnie na ten obszar przesiedlono Polaków (m.in. z Kresów Wschodnich), wybudowano kilka fabryk, wprawdzie niewielkich, jednakże uciążliwych dla środowiska (np. huta szkła w Szczytnej, zakłady włókiennicze w Kudowie Zdroju). Prywatne pensjonaty zamieniono na zakładowe ośrodki wczasowe.

Po zmianie ustroju w Polsce w 1989 r. wiele nierentownych zakładów przemysłowych upadło. Obecnie największe znaczenie w regionie mają Zakłady Elektrotechniki Motoryzacyjnej w Dusznikach-Zdroju, Zetkama w Ścinawce Średniej oraz rozlewnie wody mineralnej w Polanicy i Jeleniowie. Stopniowo polepsza się także infrastruktura turystyczna.