Przed końcem XIX wieku Hashima była wystającym z morza kawałkiem skały, porośniętym gdzieniegdzie małą roślinnością, służącym głównie za miejsce gniazdowania ptaków morskich. Czasami była używana jako tymczasowe schronienie przez rybaków z Nagasaki i okolicznych wysp.

Pierwsi stali osadnicy pojawili się na wyspie w 1887 roku, kiedy odkryto na niej złoża węgla kamiennego. Z czasem wyspa ulegała stopniowemu, sztucznemu powiększeniu przy pomocy materiału pozostałego po kopaniu kolejnych szybów. W latach 30. XX wieku wyspa stała się poważnym ośrodkiem przemysłowym; oprócz kopalni znajdowała się na niej fabryka sprzętu zbrojeniowego.

Na Hashimie węgiel wydobywano ze złóż, znajdujących się na głębokości 600 metrów poniżej poziomu morza. W okresie od 1943 do 1945 roku do pracy przymusowej w kopalni należącej do koncernu Mitsubishi przywieziono wielu Chińczyków i Koreańczyków. Wielu z nich zmarło z powodu ciężkich warunków pracy.

W czasach największej świetności wyspy znajdowało się na niej 30 budynków mieszkalnych, 25 sklepów, 2 szpitale, szkoła, 2 baseny, a także cmentarz. W 1959 roku liczba mieszkańców osiągnęła 5259 osób, co przy niewielkiej powierzchni wyspy dawało bardzo wysoką gęstość zaludnienia - w tamtym czasie Hashima była jednym z najgęściej zaludnionych miejsc na ziemi[1][2].

W latach 70. XX wieku węgiel stracił swoje znaczenie w japońskiej gospodarce na rzecz pochodzącej z importu ropy naftowej, toteż w 1974 roku Mitsubishi zdecydowało o zamknięciu kopalni na Hashimie. W ciągu kilku tygodni to jedno z najgęściej zaludnionych miejsc na świecie całkowicie opustoszało, stając się "miastem duchów". Z biegiem lat zaczął obowiązywać zakaz wchodzenia na teren wyspy, którego złamanie było surowo karane. Japoński rząd starał się w ten sposób chronić pozostałe na wyspie wyposażenie i infrastrukturę przed szabrownikami.

Ponieważ w ostatnich latach zainteresowanie tajemniczą wyspą wzrosło, w 2008 roku zasugerowano wpisanie Hashimy na Listę światowego dziedzictwa UNESCO. Propozycja ta została przyjęta niejednoznacznie z powodu historycznych kontrowersji z przeszłości wyspy. Władze Korei Południowej otwarcie sprzeciwiały się temu pomysłowi, powołując się na cierpienia koreańskich robotników przymusowych w czasie II wojny światowej i fakt, że ci, którzy ocaleli nie otrzymali od Mitsubishi i japońskiego rządu żadnej rekompensaty za poniesione krzywdy. Jednak w 2015 roku, na 39. sesji Komitetu Światowego Dziedzictwa UNESCO, wyspa Hashima została wpisana na Listę Światowego Dziedzictwa jako część obiektu Miejsca związane z rewolucją przemysłową w epoce Meiji: hutnictwem, przemysłem stoczniowym i przemysłem wydobywczym[3].

Obecnie wizyty na wyspie są dozwolone, ale dla ruchu turystycznego otwarte są tylko miejsca specjalnie przystosowane pod kątem bezpieczeństwa. Istnieją także plany stworzenia na wyspie muzeum kultury i życia górników z Hashimy, ale do realizacji tych planów potrzeba ogromnych inwestycji finansowych (prawie wszystkie budynki na wyspie są w złym stanie).