Craco powstało w VIII wieku[1] lub ok. 1060 roku, kiedy władzę w regionie sprawował arcybiskup Arnaldo. Craco wybudowano na zboczu wzgórza, głównie ze względów militarnych[2]. Okres największego rozkwitu rozpoczął się w wieku XIII, gdy powstał w Craco uniwersytet i zamek[1], obecne były także liczne kaplice rozsiane po całym miasteczku[2].

W połowie XVI wieku miasto osiągnęło najwyższą w swojej historii populację − 2590 osób[1]. Pod koniec XIX wieku zamieszkiwało w mieście 2000 mieszkańców, głównie rolników[2]. Miasto zostało opuszczone w połowie XX wieku, gdy w okolicy zaczęły powtarzać się trzęsienia ziemi[1], które spowodowały osuwanie się gruntu. W 1963 roku podjęto decyzję o opuszczeniu miejscowości przez ludność, gdy wykryto duże osuwisko[2] i osiedleniu ich w nowym mieście w dolinie – Craco Peschiera.

Ostatecznie ostatni mieszkańcy opuścili Craco w 1991 roku[1]. W 2010 World Monuments Fund zaliczył ją do najbardziej zagrożonych zniszczeniem obiektów zabytkowych na świecie[3].

Miasto jest celem podróży turystów i pielgrzymów, a także planem filmowym.