Żadne źródła pisane nie podają daty ani celu powstania budowli, nie mówią też nic o jej zleceniodawcy[1]. Analiza kształtów liter inskrypcji umieszczonych nad płaskorzeźbami jej pierwszego, zakrytego poziomu wskazuje na ich pochodzenie z ok. roku 800. W tym okresie Środkową Jawą władała dynastia Śailendrów, która pozostawiła po sobie liczne świątynie śiwaistyczne i buddyjskie.

Borobudur stracił na znaczeniu w XI wieku. Dla świata budowlę odkrył w 1814 roku jeden z oficerów brytyjskich w okresie brytyjskiego panowania na Jawie (1811–1814). Wicegubernator tej wyspy i późniejszy założyciel Singapuru Thomas Stamford Raffles[2] zorganizował wówczas pierwsze prace konserwatorskie i wykopaliskowe. Kompleksową odbudowę prowadzili Holendrzy z Theodoorem van Erpem na czele w latach 1907–1911. Nie naprawiono wtedy krzywych murów, co doprowadziło do osuwania się ich pod wpływem tropikalnych deszczy[2].

W 1991 roku kompleks świątynny Borobudur został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO[3].