Najstarsze ślady obecności człowieka w Puszczy Białowieskiej pochodzą z neolitu, czyli sprzed około 4500 lat. Są to proste narzędzia z krzemienia, toporki kamienne oraz resztki naczyń[1][2]. Z neolitu pochodzą także dwie osady, odkryte w 1923 roku w pobliżu wsi Rudnia oraz pomiędzy miejscowościami Krynica i Kupicze[1].

W okresie od I wieku p.n.e. do V wieku n.e. na terenie puszczy istniały osady noszące ślady mieszanych wpływów kultur ceramiki kreskowanej i przeworskiej, a następnie kultury wielbarskiej. Jedna z takich osad, pochodząca z przełomu I wieku p.n.e. i I wieku n.e., została znaleziona na polanie łowieckiej Berezowo (Nadleśnictwo Białowieża). Odkryto tam także pozostałości dymarek do wytopu żelaza z rudy darniowej, zabytki żelazne i ceramiczne oraz kości bydła domowego i jeleni. Fakt ten wskazuje na to, że oprócz łowiectwa i hodowli ludność tego terenu zajmowała się lokalnym pozyskiwaniem rudy oraz wypalaniem węgla drzewnego niezbędnego do wytopu żelaza. Doprowadziło to do nieznacznego ubytku w powierzchni lasów, jednak po okresie starożytnym nastąpiła przerwa w osadnictwie, co umożliwiło ich regenerację[3].

Z tego okresu pochodzą dwa znalezione do tej pory puszczańskie cmentarzyska pozostawione przez przedstawicieli kultury wielbarskiej. Pierwsze z nich to odosobniony grób szkieletowy dziecka z III–IV wieku, znaleziony w żwirowni na uroczysku Hajduki, przy drodze z Białowieży do Narewki. Może być to jednak tylko fragment cmentarzyska, które zostało zniszczone podczas wykopywania piasku. Drugie znalezisko to cmentarzysko ciałopalne z III–V wieku, znalezione na terenie uroczyska Wielka Kletna w samym Białowieskim Parku Narodowym. Prawdopodobnie zawiera ono 60-70 grobów płaskich rozmieszczonych na dawnej śródleśnej polanie. W pobliżu Puszczy Białowieskiej znajdują się jeszcze trzy inne cmentarzyska kultury wielbarskiej, zawierające ciałopalne groby kurhanowe lub płaskie[4].

Duża liczba przedmiotów obcego pochodzenia znaleziona w grobach może świadczyć o istniejącej wówczas sieci dróg, z kolei stały, kilkuprocentowy udział pyłków roślin rosnących na terenach otwartych (głównie traw) oraz antropogennych w danych palinologicznych z I–IV wieku, wskazuje na niewielki stopień jej odlesienia w tamtym okresie[4].

Pierwsze plany utworzenia parku narodowego na terenie Białowieży powstały w 1916 roku, głównie z inicjatywy gdańskiego botanika i jednego z twórców ruchu ochrony przyrody, doktora Hugo Conwentza. Nie zyskały one wówczas dużego poparcia. Idea ochrony chociaż części puszczy powróciła w 1919 roku, podczas liczenia białowieskich żubrów. Jej orędownikami byli wtedy polski botanik, profesor UJ, Władysław Szafer, profesor Eugeniusz Kiernik oraz inżynier Jan Kloska. Wysiłki te, tak jak i poprzednie, okazały się bezowocne[5].

29 grudnia 1921 roku na terenie Puszczy Białowieskiej, z inicjatywy i dzięki usilnym staraniom grona polskich przyrodników i leśników z profesorem Władysławem Szaferem na czele, Ministerstwo Rolnictwa i Dóbr Państwowych na mocy decyzji z 29 grudnia 1921 roku wydzieliło leśnictwo[6], które 13 kwietnia 1924 roku zostało podniesione do rangi nadleśnictwa o tej samej nazwie[7]. Jako rezerwat ścisły uznano oddziały leśne o numerach: 258, 288, 289, 319 i 344. Oddziały położone w widłach rzek Narewki i Hwoźnej i kilka oddziałów z byłego nadleśnictwa Zwierzyniec uzyskały charakter rezerwatu częściowego[8]. W 1923 roku kierownictwo Rezerwatu objął Józef Paczoski, który rozpoczął w nim prace badawcze. 9 września 1928 roku kierownictwo objął Jan Jerzy Karpiński[8]. 1 stycznia 1929 roku nadleśnictwo to zostało objęte ochroną ścisłą.

Na mocy rozporządzenia wydanego przez ministra rolnictwa z 4 sierpnia 1932 nadleśnictwo Rezerwat zostało przekształcone w „Park Narodowy w Białowieży”, o powierzchni 4693,24 hektarów[9]. Park podlegał Dyrekcji Lasów Państwowych w Białowieży, ale opiekę naukową nad nim powierzono Zakładowi Doświadczalnemu Lasów Państwowych w Warszawie[9].

Po wojnie Park został reaktywowany rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 21 października 1947 r. i odtąd jest znany pod nazwą Białowieski Park Narodowy. Dołączono doń łąki nad rzekami Narewką i Hwoźną. Zachodnią granicą Parku stała się rzeka Narewka, północną – rzeka Hwoźna, a wschodnią – granica państwowa z ZSRR[10]. Spośród drzew dominują tu świerk i grab, mniejsze powierzchnie zajmują olcha, sosna, brzoza, dąb i jesion. W Parku nie wykonuje się czynności gospodarczych[10], służy celom naukowym i dydaktycznym, a częściowo także turystycznym[11].

26 października 1996 roku powierzchnia parku została powiększona do 10 502 ha poprzez przyłączenie części powierzchni dwóch sąsiadujących nadleśnictw, a wokół parku utworzono otulinę o powierzchni 3224 ha. Od 19 kwietnia 2011 roku również otulinę objęła strefa ochronna zwierząt łownych, co oznacza zakaz polowania i tworzenia urządzeń łowieckich[12].

Obszar ochrony ścisłej w Białowieskim Parku Narodowym to ostatni fragment pierwotnego lasu Europy, jaki przetrwał do naszych czasów. Wielu przeciwników doceniania tej wyjątkowości zaprzecza, pytając jaki on tam pierwotny, skoro znajdujemy w nim liczne ślady działalności człowieka? To prawda, człowiek był w Puszczy już bardzo dawno, nigdy jednak nie udało mu się przerwać naturalnych procesów przyrodniczych, które las ten kształtowały przez tysiące lat, od ostatniego zlodowacenia. Od początku wieku XX ten fragment Puszczy był już chroniony przed eksploatacją wieku techniki i rozwoju oraz wojen[13].