In een bericht van Paus Nicolaas IV van 9 augustus 1290 werd de Estudo Geral, de "Algemene Studie", erkend met de faculteiten van Kunst, Canoniek Recht, Civiel Recht en Geneeskunde. Theologie bleef voorbehouden aan de kloosters van de dominicanen en franciscanen.

De universiteit was oorspronkelijk gevestigd in Lissabon, maar werd in 1308 verplaatst naar het Koninklijk Paleis van Alcáçova (zie foto). In 1338 keerde de universiteit terug naar Lissabon, waar ze gevestigd bleef tot 1354. Ze keerde terug naar Coimbra, maar werd in 1377 opnieuw naar Lissabon verhuisd. Op bevel van koning Johan III werd de universiteit uiteindelijk definitief in Coimbra gevestigd in 1537.

De universiteit ontving in 1309 haar eerste statuten, met de naam Charta magna privilegiorum. De tweede statuten werden uitgegeven in 1431, tijdens de regeerperiode van koning Johan I, met bepalingen over de lesuren, examens, graden, collegegelden en zelfs de academische klederdracht. Tijdens de regeerperiode van koning Emanuel I, in 1503, ontving de universiteit haar derde statuten, nu met bepalingen omtrent de rector, vakken, salarissen van de meesters, academische toetsen en de plechtigheden van het doctoraat.

Sinds de regeerperiode van koning Emanuel I, ontvingen alle koningen van Portugal de titel "Beschermheer" van de universiteit, waardoor ze het recht hadden de professoren te benoemen en statuten uit te geven. De macht van de koninklijke familie, die door koning Johan II sterker werd gecentraliseerd, zorgde dat de universiteit afhankelijk was van de staat en de politiek. Hierdoor ontstond het overwicht van de rechtenstudies in Portugal.

Op 27 december 1559, tijdens koning Sebastiaan, werden de vierde statuten ingevoerd, waarin werd bepaald dat de rector zou worden gekozen door het klooster—al werd hier niet altijd gehoor aan gegeven door het koninklijk huis. Op 1 november van datzelfde jaar werd de Universiteit van Évora geopend, die behoorde tot de jezuïeten.

In 1591 werden in Madrid de zesde statuten opgesteld (de vijfde waren nooit in werking gezet) en deze traden het daaropvolgende jaar in werking. Er werd bepaald dat de universiteit drie kandidaten zou nomineren om rector te worden en dat de koning een van de drie zou kiezen.

Tijdens de regeerperiode koning Johan V, aan het begin van de achttiende eeuw, zou João Frederico Ludovice de Toren van de Universiteit van Coimbra en het portaal van de bibliotheek hebben ontworpen.

Tijdens de periode van koning Jozef I onderging de universiteit een grote reorganisatie. Op 28 juni 1772 werden er nieuwe statuten gepresenteerd, de zogenaamde Estatutos Pombalinos. Tijdens de Reformatie die door de Markies van Pombal werd ingezet, kreeg het onderwijs in de natuurwetenschappen en de exacte wetenschappen, die tot dan toe afwezig waren geweest van het universitaire onderwijs in Portugal, de nadruk.

In 1911, het jaar na de val van de monarchie en de stichting van de Republiek Portugal, ontving de universiteit nieuwe statuten, waardoor ze meer administratieve en financiële onafhankelijkheid kreeg en waardoor ook een beurssysteem werd opgezet, zodat er meer studenten hoger onderwijs zouden kunnen genieten. De faculteiten werden gereorganiseerd; zo werd de Letterenfaculteit opgericht, die de gebouwen van de oude Theologiefaculteit overnam, terwijl de faculteiten van Wiskunde en Filosofie (die waren opgericht tijdens de Reformatie) werden omgevormd tot de Wetenschapsfaculteit.

Na de Anjerrevolutie op 25 april 1974 onderging de universiteit opnieuw verschillende hervormingen, om zich aan te passen aan de veranderingen in de Portugese samenleving. In 1989 ontving de universiteit de statuten die op dit moment in gebruik zijn.

 

Zie de categorie University of Coimbra van Wikimedia Commons voor mediabestanden over dit onderwerp.