Het huidige museum is gehuisvest in, wat Dalí in zijn kinderjaren kende als, het stadstheater. Het is ook de plaats waar de schilderijen van Dalí voor de eerste keer werden tentoongesteld. Het theater werd verwoest tijdens de Spaanse Burgeroorlog en bleef tientallen jaren een ruïne, totdat Dalí en de burgemeester van Figueres in 1960 besloten samen het te herbouwen als een museum.

Het museum werd geopend in 1974 en werd uitgebreid in de jaren tachtig. Dalí werd begraven in de crypte onder de glazen koepel van het museum.