De Feniciërs vestigden zich hier als eersten op een eiland aan de zuidkant van de Golf van Roses. Ondertussen is dit eiland een heuveltje op het vasteland geworden. Rond 600 v.Chr. kwamen de Grieken zich er vestigen. In de 5e eeuw v.Chr. groeide de stad vlug, wellicht door de lucratieve graanhandel. Na verloop van tijd werd het een echt Griekse stadstaat, die Emporion (Ἐμπόριον) genoemd werd.

In de Punische Oorlog stelde Empúries zich pro-Rome en anti-Carthago op. In de Tweede Punische Oorlog kwamen de Romeinen hier in het jaar 218 v.Chr. aan land. Dit gebeurde onder leiding van de Scipio's met als doel de Carthagers tegen te houden. Hiermee begon dan ook de romanisering van het Iberisch Schiereiland. Vanaf toen was Empúries een belangrijke Grieks-Romeinse stad.

In 195 v.Chr. vestigde Cato in Empúries een Romeins kamp dat in de 1ste eeuw v.Chr. onder leiding van Caesar kwam te staan. De Romeinse stad ontstond dus vlak naast een Griekse stad. Er zijn restanten te zien van de stad, op een heuvel gelegen, zoals een forum, een aantal huizen, een deel van de muur met een toegangspoort, publieke baden, het amfitheater en fraaie vloermozaïeken.

De tempels en de markt bleven op dezelfde plaats gevestigd, maar de villa's werden langs de top van de heuvel geconstrueerd. Na de Romeinse periode werd de stad, toen zij in verval raakte in de 3e eeuw n.Chr., een West-Gotisch bisdom. Door het verval raakten grote restanten onder een dikke laag zand.