De naam Socotra is waarschijnlijk afgeleid van het Sanskriet dvipa sukhadhara, wat "gelukzalig eiland" betekent. De archipel werd door de Periplus van de Erythreïsche Zee omstreeks de eerste eeuw genoemd als Dioskourides en zou toen geregeerd zijn geweest door de heerser van Hadramawt. Het aanvankelijk onbewoonde Socotra kwam tot leven door de Indo-Romeinse handel over open zee (voor kustvaarders was het niet bereikbaar). Een diverse gemeenschap van kooplieden vestigde zich aan de noordkant van het eiland, in plaatsen als Kosh.[1] Het barre eiland leverde nauwelijks voedsel op, maar produceerde schildpadmateriaal en wierook die konden worden verhandeld. In sommige perioden was Socotra een piratennest.

De inwoners lijken vooral Indiërs uit het gebied rond de Indusdelta te zijn geweest. In de Hoq-grot zijn in 2000 zo'n 250 inscripties en tekeningen ontdekt, meestal in het Sanskriet, maar ook in Iraanse, Ethiopische, Zuid-Arabische en zelfs Griekse talen. Ze bestrijken de periode van de eerste eeuw v.Chr. tot de zesde eeuw n.Chr., met de bloeitijd in de jaren 100-400. Vermoedelijk fungeerde de grot als een boeddhistische cultusplaats.

Volgens overleveringen werden de eilandbewoners in het jaar 52 tot het christendom bekeerd, maar in realiteit gebeurde de kerstening – door bekering of migratie – rond de vierde eeuw.[2] In het gebied vond toen een confrontatie plaats tussen joden uit Zuid-Arabië en christenen uit Aksum. De Byzantijn Kosmas Indikopleustes sprak in de zesde eeuw met Griekse Socotranen die beweerden dat hun priesters door Perzische bisschoppen werden gewijd. De Arabische geograaf Al-Masudi stelde vast dat in zijn tijd de meeste bewoners christen waren. Marco Polo (1254-ca.1324) meldde in zijn reisverslagen dat de inwoners van Socotra christenen waren, met een aartsbisschop in Bagdad, die "niets te maken heeft met de paus in Rome". Ze behoorden dus tot de Assyrische Kerk van het Oosten oftewel Oost-Syrische Kerk.

In 1507 werd Socotra veroverd door de Portugezen, nadat de ontdekkingsreiziger Tristão da Cunha er voet aan wal had gezet. Ze kwamen tot de vaststelling dat het barre eiland te ver van de kust lag om het verhoopte strategische voordeel te bieden in de strijd om de Indische Oceaan.[3] In 1511 gaf Portugal het eiland op, dat toeviel aan het Mahra-sultanaat. In de 17e eeuw vond er een grootscheepse islamisering van de bevolking plaats.

Een expeditie van de Britse Oost-Indische Compagnie onder leiding van officier James Raymond Wellsted bezette het eiland in 1834. Een halve eeuw later, in 1886 werd Socotra een Brits protectoraat. De geostrategische ligging van het eiland maakte het tot een belangrijke tussenstop en doorvoerhaven voor Groot-Brittannië.

In 1967 raakte het Verenigd Koninkrijk de zeggenschap over Socotra geheel kwijt door de onafhankelijkheid van Zuid-Jemen (thans Jemen), waar het eiland onderdeel van werd.

In 2008 werd een groot deel van het eiland en omringende archipel aangewezen als Unesco-werelderfgoed.

Hoewel het eiland vanaf 2015 grotendeels buiten de Jemenitische Burgeroorlog wist te blijven, kreeg het wel te maken met de Militaire interventie in Jemen door Saoedi-Arabië en de Verenigde Arabische Emiraten. Beide landden streefden hun eigen geopolitieke agenda na en kwamen daardoor regelmatig met elkaar in conflict. De Emiraten steunden heimelijk de Zuidelijke Beweging, die streeft naar de herinstelling van Zuid-Jemen als onafhankelijk land. In 2017 ontstond uit deze beweging met steun van de Emiraten[4] de Zuidelijke Overgangsraad, die een jaar later tijdens de Slag om Aden de macht wist te grijpen op een deel van het vasteland.

Het eiland werd in 2015 in korte tijd getroffen door twee tropische cyclonen; Chapala en Megh, die zware schade aanrichtten op het eiland. In 2018 werd het eiland opnieuw getroffen door een cycloon. De Emiraten zagen de strategische waarde van de archipel (en het eiland Perim) op de kruising van de Golf van Aden met de Bab el Mandeb en de landen in de Hoorn van Afrika. De Emiraten en Saoedi's begonnen daarop met eigen hulpprogramma's, waarbij ook ontwikkelingsprojecten van meerdere jaren werden opgezet. Doel hiervan was het binnenhalen van de steun van de bevolking (soft power).[5]

De Emiraten hadden hiernaast echter ook geopolitieke ambities. De Emirati waren eerder door de Saoedi's min of meer geblokkeerd in hun pogingen om steunpunten op het vasteland op te zetten. In 2018 voerden de Emiraten een militaire landing uit op Socotra, waarbij ze zowel de luchthaven als de haven bezetten. In reactie hierop stuurde Saoedi-Arabië ook troepen naar het eiland, waarna beide grootmachten overeenkwamen om de macht weer over te dragen aan de Jemenitische regering. In feite gaven de Emiraten de Zuidelijke Overgangsraad echter de vrije ruimte om op het eiland te opereren. In 2019 beschuldigde Saoedi-Arabië de Emiraten er echter van in het geheim 100 soldaten van de Zuidelijke Overgangsraad naar het eiland te hebben overgebracht, hetgeen leidde tot spanningen tussen beide coalitiepartners. In februari 2020 liep een regiment van het Jemenitische leger over naar de Zuidelijke Overgangsraad. In juni 2020 pleegde de Zuidelijke Overgangsraad een staatsgreep en nam de macht over op het eiland. De Emirati probeerden ondertussen met wisselend succes hun militaire aanwezigheid op het eiland uit te bouwen met onder andere een militaire basis op het Momaplateau in het oosten van het eiland en op het eiland Abd al-Kuri. Een deel van de lokale bevolking is weinig gecharmeerd van de buitenlandse militairen en heeft in het verleden protesten georganiseerd.[6]

De Emirati zagen het toeristische potentieel van het eiland en openden daarom ook een directe vlucht vanuit de Emiraten, waarmee ze zonder toestemming van de Jemenitische autoriteiten jaarlijks duizenden toeristen naar het eiland laten vliegen.[6] De Emiratische activiteiten hebben geleid tot steeds meer druk op de relatie tussen de Emirati en de Saoedi's, die zelf liever de macht overnemen op het eiland, maar hun goede band met de Emiraten nodig hebben in de strijd tegen de Houthi's.[4]