De Gemmi- en de Lötschenpas maakten het al in de dagen van het Romeinse Rijk mogelijk om van Wallis naar het Berner Oberland te reizen. Kandersteg wordt reeds in 1374 vermeld als overnachtingsplaats op de handelsroute (kruidenhandel) vanuit Italië komende via de Lötschenpas. Kandersteg was een arme gemeenschap en vele inwoners verdienden hun brood door rijkere personen in draagstoelen over deze passen te dragen. Het tolhuis in Schwarenbach getuigt van handelsverkeer via de Gemmipas.

Met de bouw van de allereerste dorpskerk werd in 1511 begonnen. Een van de beroemdste huizen in Kandersteg is het rijk versierde Ruedi-Haus, in 1753 gebouwd.

Kandersteg behoorde tot 1850 tot de gemeente Frutigen en vormde daarna met Kandergrund de gemeente Kandergrund. In 1908 werd Kandersteg een zelfstandige gemeente.

De bouw van Lötschbergtunnel (van 1906 tot 1913) verschafte een belangrijke noord-zuidverbinding en vormde de basis voor de nu nog veel gebruikte Autoverlad van de Lötschbergspoorweg. De aansluiting op het Zwitserse spoorwegennet bevorderde het toerisme en vele van de huidige hotels en pensions werden in die periode gebouwd. Voor de Eerste Wereldoorlog beschikte Kandersteg reeds over 30 hotels en pensions met zo'n 1300 bedden.

In 1923 richt het WOSM (World Organization of the Scout Movement) in Kandersteg een van de eerste permanente ontmoetingsplaatsen voor scouts op. Tegenwoordig is het scoutscentrum jaarlijks de ontmoetingsplaats voor ongeveer 10.000 scouts. Deze plek heet het Kandersteg International Scout Centre.

In 1991 vonden ook de theravada-boeddhisten een onderkomen in Kandersteg met de bouw van hun klooster Dhammapala.