Timboektoe is vermoedelijk in de 12e eeuw gesticht door Toeareg als pleisterplaats voor de karavanen van de transsaharahandel die de landen aan de oever van de rivier de Niger verbond met de Maghreb. De belangrijkste handel was in zout, dat noordelijk van de stad in de Sahara werd gedolven in mijnen. Dit zout werd verhandeld in West-Afrika waar zout schaars was.

De combinatie van de rijkdom van de stad en zijn onbereikbaarheid voor christelijke reizigers - de eerste Europeaan die de stad bereikte, de Schotse majoor Gordon Laing, werd in 1826 op de terugweg uit de stad vermoord[1] - gaven de stadsnaam in het Westen een mythische klank. De naam is nog steeds symbolisch voor een verafgelegen en nauwelijks te bereiken plaats.

Begin 2012 tijdens de Malinese staatsgreep van 2012 werd de regio waarin Timboektoe ligt, ingenomen door Toearegrebellen uit het noorden van Mali, die het hele noorden van Mali, samen met strijders van de islamistische groepering Ansar Dine, hadden uitgeroepen tot een onafhankelijke staat (zie Azawad). Er werden systematische vernielingen aangericht op het door de VN aangewezen islamitisch cultureel erfgoed.[2] Op 28 januari 2013 werd de stad echter, zonder gevechten, heroverd door Franse en Malinese troepen.[3]