Het gebied van het Nahuel Huapi-meer is na de woestijnveldtocht van generaal Julio A. Roca tegen het einde van de 19e eeuw gekoloniseerd. De Texaanse cowboy Jarred Jones en de Duitse immigrant Carlos Wiederholt hebben onafhankelijk van elkaar twee nederzettingen gesticht.

San Carlos de Bariloche is ambtelijk in 1902 gesticht en heeft aanvankelijk als centrum voor de handel met Zuid-Chili gediend. De naam San Carlos is toegevoegd in 1902. Het gebied heeft al in deze periode buitenlandse toeristen gelokt zoals de Amerikaanse president Theodore Roosevelt en de Prins van Wales.

Dankzij de bouw van een spoorwegverbinding in 1932 genoot Bariloche steeds grotere populariteit als toeristenbestemming, vooral na de Tweede Wereldoorlog.

Bariloche is volgens sommige journalisten reeds vanaf de jaren twintig van de 20e eeuw een centrum van fascistische en nationaalsocialistische activiteiten geweest, vooral door een concentratie van Duitse immigranten. In de Club Andino Bariloche (Andesclub Bariloche), een beroemde bergsportvereniging die ook wintersporttoernooien organiseert, werd nog lang na 1945 openlijk nazipropaganda gemaakt. Ook is er een Duitse school waar Mein Kampf ooit tot de verplichte leerstof behoorde en waar de swastika-vlag regelmatig aan de gevel wapperde.

Toen na de oorlog nazi-Duitsers en Belgische collaborateurs op de vlucht voor justitie een toevluchtsoord zochten, waren zij onder president Juan Perón welkom in deze gemeenschap. Een belangrijke tussenpersoon was Pierre Daye, die zelf wegens collaboratie de doodstraf had gekregen. Bariloche wordt soms met Patagonië ook het Argentijnse Beieren genoemd.[1] Eén van de Belgen die er leefde was de schilder Antoon Maes, eveneens in België ter dood veroordeeld. Tijdens de Tweede Wereldoorlog koos hij als lid van de Vlaamse SS en de DeVlag de kant van de Duitse bezetter. De nazisympathisanten van Bariloche hebben nooit officieel met het verleden gebroken.

Bariloche kwam in het nieuws in 1995 toen bekend werd dat Hauptsturmführer Erich Priebke hier jarenlang ongemoeid had gewoond met zijn gezin.[2] Priebke was vele jaren de directeur van de Duitse school in Bariloche.

In juli 2008 reisde een delegatie van het Simon Wiesenthalcentrum naar Bariloche in het kader van de opsporing van de oorlogsmisdadiger Aribert Heim, een commandant van het concentratiekamp Mauthausen, maar ze vonden geen bewijzen voor diens aanwezigheid. Heim zou onder een schuilnaam in Syrië leven.[3]