Op Mykonos heeft men sporen aangetroffen van alle grote beschavingsperioden, maar nergens in belangrijke hoeveelheden.

Vroege geschiedenis

Archeologische vondsten tonen tekenen van de Neolithische stam Kares op het eiland, die dateren uit ca. 3000 jaar voor Christus. De eerste inwoners van Mykonos waren Cariërs en Feniciërs[bron?] en daarna kwamen de Minoërs uit Kreta. Rond het jaar 1000 v.Chr. vestigden de Ioniërs uit Athene zich hier. In de oudheid waren er twee steden op het eiland. Het was een arm eiland met beperkte landbouwmiddelen. Mensen in de regio waren pantheïsten en aanbaden goden zoals Zeus, Apollo, Poseidon en Hercules.

Rond de tijd van Alexander de Grote, toen Mykonos deel uitmaakte van het Macedonische Rijk, werd het eiland een handelscentrum voor landbouw en maritieme handel. Het nabijgelegen eiland Delos was toen erg dicht bevolkt, waardoor Mykonos een belangrijke plaats was voor bevoorrading en een doorvoerpunt wanneer men uit Delos vertrok. De korte afstand van twee kilometer tussen de eilanden werd vaak afgelegd, omdat religieuze regels bepaalden dat niemand op Delos geboren of gestorven mocht zijn.

 Aardewerk in museum op MykonosRomeinse en Byzantijnse tijden

Tijdens het bewind van het Romeinse Rijk behoorde het eiland toe aan de Romeinen en maakte later deel uit van het grote Byzantijnse rijk. De Byzantijnen beschermden Mykonos tegen de Arabieren in de 7e eeuw en controleerden het tot in de 12e eeuw. De Byzantijnen lieten, in de talrijke kerken en kapellen (ongeveer 360, verspreid over het hele eiland), iconen en fijn bewerkte iconostasen achter.

Venetiaanse en Ottomaanse bezetting

In 1207 kwam Mykonos, net als de rest van de Cycladen, onder Venetiaans bewind. Onder de Venetiaanse overheersing in 1537 werd Mykonos aangevallen door de Turken onder leiding van Barbarossa, de beruchte admiraal van Suleiman de Grote, en werd de Ottomaanse vloot op het eiland geïnstalleerd. Een situatie van zelfbestuur wordt opgelegd onder toezicht van het hoofd van de Ottomaanse vloot. Een gouverneur en een raad van "syndicalisten" worden benoemd, die altijd probeerden een goed evenwicht te bewaren tussen de Venetianen en de Ottomanen. De Venetianen trokken zich definitief terug uit de regio in 1718, nadat het kasteel van Tinos in handen viel van de Ottomanen.

De Myconiërs bewezen uitstekende zeilers en handelaars, die een grote welvaart brachten op het eiland en kolonies van immigranten uit nabijgelegen eilanden en Kreta aantrokken. Vanwege de welvaart werd Mykonos tot het einde van de 18e eeuw regelmatig aangevallen door piraten.

 Portret van Manto MavrogenousDe Griekse revolutie

Toen de Griekse Onafhankelijkheidsoorlog tegen de Turken uitbrak in 1821, speelden de Myconiërs met 22 schepen, bemanning en munitie, een belangrijke rol. Ze werden aangemoedigd onder de sterke leidende hand van de nationale heldin Mando Mavrogenous. Zij was een goed opgeleide aristocraat die was opgegroeid met de meest fervente ideeën van de verlichting. Ze aarzelde niet om actief deel te nemen aan de revolutie en het opofferen van de rijkdom van haar familie hieraan.

Mykonos maakte deel uit van de onafhankelijke Griekse staat sinds de eerste dag dat het werd gevormd in 1830 en de zeil- en koopmansactiviteit deed de economie van het eiland herrijzen. Mykonische kooplieden reisden naar het buitenland en velen vestigden zich zelfs in andere belangrijke commerciële centra zoals Constantinopel, Alexandrië en Marseille.

Moderne tijden

De economie van het eiland daalde aan het einde van de 19e eeuw. Veel Myconiërs verlieten het eiland om werk te vinden op het vasteland van Griekenland of in het buitenland. Economisch betere tijden traden aan toen het toerisme zijn intrede deed. Vanwege de interessante archeologische vondsten op het nabijgelegen eiland Delos kreeg ook Mykonos een aantrekkingskracht op liefhebbers van de Griekse geschiedenis en mythologie. Het was zo dat in de vroege jaren 30 veel beroemde kunstenaars, politici en rijke Europeanen hun vakantie doorbrachten in Mykonos, de aandacht trekken en het eiland als het ware op de kaart zetten. In de jaren '50 begon het moderne toerisme te groeien, samen met de bevolking van het eiland. Maar het was in de volgende twee decennia van de jaren '60 en de jaren '70 dat, o.a. dankzij Jackie O en tal van andere jetsetters, het eiland werd veranderd in een van de meest kosmopolitische vakantieoorden van de Middellandse Zee.