Het rapport van de secretaris van kardinaal Louis van Aragon, Antonio de Beatis, dateert het werk tussen 1512-1517 maar als we aannemen dat Lisa Gherardini inderdaad het model was zoals Vasari schreef moeten we het ontstaan van het schilderij situeren in de tweede Florentijnse periode van Leonardo tussen 1503 en 1507. Dit kadert vrij goed met de notitie uit Heidelberg die dateert van oktober 1503. Ook drie van Raphaëls vroege Florentijnse werken van 1504 - 1506 zijn beïnvloed door het werk van Leonardo.[1]

Leonardo heeft het schilderij niet afgeleverd bij de opdrachtgever maar het meegenomen naar Frankrijk toen hij zich daar vestigde op uitnodiging van Frans I in 1516. Vasari zegt dat Leonardo nooit afstand van het werk deed en men neemt aan dat Leonardo tot op het einde van zijn leven correcties heeft aangebracht. Uit vergelijking met de Mona Lisa van het Prado, die tegelijkertijd gemaakt zou zijn, meent Vincent Delieuvin, conservator aan het Louvre, te mogen afleiden dat de achtergrond geschilderd werd tussen 1510 en 1519.[2] Het landschap zou gedeeltelijk gebaseerd zijn op een tekening van Leonardo die zich bevindt in de Britse koninklijke collectie en gedateerd wordt op 1515-1520.[3]

Dat het werk zich later in de collectie van het Franse koningshuis bevond staat vast, men weet dat in 1625 een portret "la Gioconda" genoemd door Cassiano dal Pozzo werd beschreven in een beschrijving van een aantal werken in de collectie van het Franse koningshuis. Andere bronnen zouden het schilderij vermelden als decoratie in de "salle du bain" in Fontainebleau in 1542.[4]

Maar hoe het daar terechtkwam blijft onzeker. Sommigen denken dat het door Leonardo zelf werd verkocht aan Frans I voor 4.000 gouden ecu’s,[5] anderen zijn van mening dat het werk geërfd werd door Salai, samen met de andere werken die zich nog in het atelier bevonden.[6] Het schilderij dat in de nalatenschap van Salai werd aangetroffen kan natuurlijk ook het werk zijn dat later in het Prado terechtkwam.

Van Fontainebleau, waar het in 1646 nog het gouden kabinet van Anne van Oostenrijk versierde, werd het schilderij van de Mona Lisa door Lodewijk XIV overgebracht naar Parijs. In 1565-1566 verhuist het doek van het Palais du Louvre naar de galerie des Ambassadeurs in het palais des Tuileries. Tussen 1690 en 1695 wordt het paneel overgebracht naar het kasteel van Versailles door Lodewijk XIV en opgehangen in de galerie du roi.

In 1797, tijdens de Franse Revolutie, werd la Joconde overgebracht naar het salon carré van het Muséum central des arts de la République, het toekomstige Musée du Louvre. Enkele jaren later, in 1801, werd het schilderij door Napoleon Bonaparte overgebracht naar de Tuileries en opgehangen in de appartementen van Joséphine en niet in de slaapkamer van Napoleon, zoals dikwijls wordt gezegd. In 1802 keerde het terug naar het Louvre. Tijdens de Frans-Duitse Oorlog van 1870 tot 1871 werd het paneel in veiligheid gebracht in de kelders van het arsenaal van Brest.

Op 21 augustus 1911 werd de Mona Lisa op klaarlichte dag gestolen. De volgende dag ontdekte de schilder Louis Béroud de diefstal. Op de plaats in de Salon Carré waar de Mona Lisa had moeten hangen, bevonden zich nu slechts vier ijzeren haakjes. Béroud informeerde bij de bewaking waar het schilderij was en zij dachten dat het was overgebracht naar het fotoatelier van de firma Braun.[7] De bewakingsdienst stuurde iemand naar het fotoatelier om het schilderij terug te halen, maar die keerde onverrichter zake terug. Toen sloeg de paniek toe.[8]

Bij het onderzoek dat volgde werd de dichter Guillaume Apollinaire aangehouden en ondervraagd, hij had immers ooit verklaard dat men het Louvre moest afbranden en was betrokken bij de diefstal van enkele beeldjes en maskers door Géry Pieret enkele jaren daarvoor. Pieret bezorgde op 28 augustus aan de krant Paris-Journal een van de gestolen beeldjes, eiste de diefstal van La Joconde op en eiste 150.000 frank losgeld. Ook Pablo Picasso werd langdurig ondervraagd, hij had van Pieret enkele van de gestolen beeldjes en de Fenicische maskers gekocht omwille van hun primitieve aspect. Zijn schilderij "Les demoiselles d’Avignon" werd hierdoor nog beïnvloed.

Maar het onderzoek liep al snel dood en men ging ervan uit dat het schilderij voorgoed verdwenen was. De dader van de diefstal, Vincenzo Peruggia, was een Italiaan en had als glazenier meegewerkt aan een project om belangrijke kunstwerken achter glas in te kaderen. Hij had zich in een bezemkast verstopt en was op de sluitingsdag van het Louvre met het schilderij onder zijn jas het museum uitgelopen. Hij bewaarde het schilderij gedurende twee jaar in een houten koffer onder zijn bed in een logement in Parijs. In 1913 keerde hij terug naar Italië en bood op 10 december 1913 de Mona Lisa te koop aan bij een Florentijns antiquair Alfredo Geri. Die maakte op 11 december een afspraak met Vincenzo Peruggia in Hotel Tripoli, kamer 20 en ging naar de afspraak in gezelschap van de toenmalige directeur van het Uffizi, Giovanni Poggi.[9] Geri en Poggi herkenden het doek en namen het mee voor een zogezegde expertise. De dief werd gearresteerd en het hotel wijzigde zijn naam in Hotel Gioconda; men kan er tegenwoordig nog altijd kamer 20 boeken.

Voor het terugkeerde naar Frankrijk werd het werk tentoongesteld in de Uffizi in Firenze, in de Franse ambassade in Rome en in de Galleria Borghese. Peruggia die tijdens zijn proces verklaarde dat hij had gehandeld uit patriottisme om een werk, waarvan hij dacht dat het door Napoleon gestolen was terug te brengen naar Italië, kreeg een straf van één jaar en veertien dagen, die later werd teruggebracht tot zeven maanden en veertien dagen.

In de Eerste Wereldoorlog werd de Mona Lisa in veiligheid gebracht, eerst in Bordeaux en later in Toulouse. Na de oorlog keerde het werk terug naar het Louvre.

Toen in 1938 Hitler het Sudetenland binnenviel, werd het schilderij uit veiligheidsoverwegingen uit het Louvre weggehaald, maar het keerde er na de akkoorden van München terug.[10] Toen de Tweede Wereldoorlog uitbrak, werd La Joconde eerst naar het kasteel van Chambord gebracht en van daar naar de abdij van Loc-Dieu, vervolgens naar het Musée Ingres in Montauban. Het werk werd teruggebracht naar Chambord en van daar meegenomen door René Huyghe, conservator aan het Louvre naar het kasteel van Montal in Quercy in het departement Lot. Ook daarna wisselde de Mona Lisa nog enkele keren van verblijfplaats in de departementen Lot en in de streek van de Causses om op 17 juni 1945 terug te keren naar Parijs.

Na haar omzwervingen tijdens de oorlog werd de mooie Florentijnse nog een aantal keer belaagd. In 1956 werd zuur over de onderkant van het schilderij gegoten en in december van datzelfde jaar gooide een Boliviaanse toerist een steen naar het schilderij, die het glas verbrijzelde en de verflaag aan de linkerelleboog beschadigde.

De Mona Lisa ging ook nog op reis. Van december 1962 tot maart 1963 was het werk in de Verenigde Staten. Het werd tentoongesteld in de National Gallery in Washington en daarna in het Metropolitan Museum in New York. Er zouden 1,7 miljoen bezoekers geteld zijn.[11] In 1974 werd het paneel uitgeleend voor tentoonstellingen in Moskou en in Tokio.