De geschiedenis van de stad gaat mogelijk terug tot de 5e eeuw v.Chr., toen de Carthaagse navigator Hanno een ontdekkingsreis langs de westkust van Afrika maakte en daar enkele handelsposten stichtte. Diverse onderzoekers zijn van mening dat het door hem genoemde Arambys betrekking heeft op het eiland Mogador, voor de baai van Essaouira. Op dat eiland zijn inderdaad resten van Carthaagse oorsprong opgegraven.[1] Op de Purpuraireseilanden voor de kust, waar ook het eiland Mogador toe behoort werden brandhorenschelpen gevonden waaruit de kleurstof purper werd gewonnen. Rond het jaar nul bouwde de Berberkoning Juba II hier een fabriek waar purper werd gemaakt.[2] Het stadje stond in de Middeleeuwen bekend als Mogador. In 1506 werd het ingenomen door de Portugezen, die er het fort Castelo Real bouwden dat ze in 1510 alweer moesten opgeven.

Het huidige Essaouira werd vanaf 1760 gesticht door de Alaouieten-Sultan Mohammed ibn-Abdullah. Hij had in 1751 zijn Atlantische havens in concessie gegeven aan de Denen, maar wilde nu weer inkomsten krijgen uit de handel met Europa en haar globale netwerken.[3] Voor de stadsplanning deed hij in 1764 een beroep op de Franse architect Théodore Cornut. Om van de stad een belangrijk handelsknooppunt te maken liet hij de haven van het zuidelijker gelegen Agadir sluiten. Ook trok hij kooplieden aan vanuit Rabat. Dit waren voornamelijk Joodse families, zoals de Corcos, de Macnins en de Sebags. De kleine maar welvarende stad zou in sommige periodes tot de helft Joden bevatten en een eigen Joodse wijk hebben. De stad werd niet alleen een knooppunt aan zee maar ook de karavaanroutes van de transsaharahandel naar o.a. Timboektoe zouden op de stad aansluiten.

In de 19e eeuw werd de stad de belangrijkste haven van Marokko en verschillende landen openden hier een consulaat, waaronder Nederland. In 1844 bombardeerden de Fransen de stad om Marokko te dwingen om zijn steun aan Abd al-Kader, leider van een Algerijnse verzetsbeweging, te staken. Van 1912 tot 1956 viel de stad onder het protectoraat Frans-Marokko waarbij de stad een belangrijke militaire, administratieve en economische rol speelde. Dit is nog steeds zichtbaar door een aantal in Franse stijl opgetrokken gebouwen.

Tegenwoordig is Essaouira vooral bekend als toeristische trekpleister. Ook is het een geliefd oord voor kite-, wind- en golfsurfers. De Medina van Essaouira is UNESCO Werelderfgoed. Jaarlijks vindt er in juni een Gnawa- en wereldmuziek-festival plaats.[4] Er is een kleine vissershaven, waar men lijdt onder de concurrentie van de havens van Agadir en Safi. Toch wordt er een aanzienlijke hoeveelheid vis gevangen, vooral sardine.