Het non-profitproject is in 1997 opgericht door Tim Smit en architect Jonathan Ball. Later is architect Nicholas Grimshaw bij het project betrokken. De twee Britse bouwbedrijven Sir Robert McAlpine plc en Alfred McAlpine plc hebben gedurende achttien maanden de aanleg van het project verzorgd. Deze bedrijven hebben dit gedaan met de afspraak dat ze alleen betaald zouden worden als het project een succes zou worden.

Het bezoekerscentrum is in mei 2000 geopend. Op 17 maart 2001 is gehele complex voor het publiek geopend. Sindsdien hebben meer dan 7,5 miljoen mensen de botanische tuin bezocht.

In de loop van de tijd heeft het Eden Project gediend als het decor van diverse evenementen. Op 2 juli 2005 heeft hier een podium gestaan van Live 8. Tijdens andere gelegenheden hebben artiesten als Moby, Keane, Basement Jaxx en Brian Wilson hier opgetreden. Het Eden Project heeft gediend als filmlocatie voor de James Bondfilm Die Another Day.