Het gebied dat nu de staat Alaska vormt werd circa 12.000 jaar geleden voor het eerst gekoloniseerd door Eskimovolkeren als de Yupik en Inuit en door diverse indianenstammen. Zij bereikten Alaska via de Beringlandbrug, de toen drooggevallen of dichtgevroren Beringstraat. De meesten trokken uiteindelijk verder Noord- en Zuid-Amerika in.

De eerste ontdekkingsreizigers en pioniers die het gebied verkenden kwamen uit Rusland. Een expeditie onder Ivan Fjodorov en Michail Gvozdev bereikte in 1732 Kaap Prince of Wales. De Russen waren vooral geïnteresseerd in de lucratieve handel in bont. Op 20 augustus 1741 bereikte de Deens-Russische ontdekkingsreiziger Vitus Bering tijdens een van zijn expedities de Golf van Alaska en zag Mount Elias. Hij landde op Kayakeiland en voer langs het Kenaischiereiland en Kodiakeiland. Gedeeltelijk de Aleoeten volgend, voer het schip terug naar het Kamtsjatkaschiereiland, in Rusland, en landde uiteindelijk op Avatsjaeiland. Daar overleed Bering tijdens de overwintering aan scheurbuik. De zee tussen Rusland en het pas ontdekte Alaska werd door de Russen de Beringstraat genoemd. De Russen vestigden een aantal nederzettingen in wat bekend werd als Russisch-Amerika (of Russisch-Alaska).

  Zie Aankoop van Alaska voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

Alaska werd op 30 maart 1867 door de Verenigde Staten van Rusland gekocht, op initiatief van Minister van Buitenlandse Zaken William Seward. De Verenigde Staten betaalden slechts 7.200.072 dollar voor het gebied, omdat Rusland dacht dat het land weinig waard was. De aankoop van Alaska was niet erg populair in de Verenigde Staten en werd ook wel eens Seward's Folly genoemd.

De formele soevereiniteitsoverdracht vond op 18 oktober 1867 plaats, een datum die sindsdien gevierd wordt als Alaska Day. Tot 1884 heette de toekomstige staat Department of Alaska en daarna, tot 1912 District of Alaska. In 1912 werd het gebied formeel een territorium van de Verenigde Staten en 47 jaar nadien, op 3 januari 1959, werd het als 49e staat tot de Unie toegelaten.

In de tijd sinds de aankoop is gebleken hoe weinig er werkelijk voor het gebied is betaald. Goud, steenkool, aardolie en andere natuurlijke hulpbronnen die nu in Alaska worden ontgonnen hebben de staat welvarend gemaakt. Bovendien was de ligging van het gebied uiterst strategisch zowel met betrekking tot de Pacifische Oorlog als de Koude Oorlog. Als de aankoop van Alaska niet had plaatsgevonden had de Sovjet-Unie een bruggenhoofd in Noord-Amerika gehad.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog werden enkele eilanden in de Aleoeten door Japanse troepen ingenomen als afleidingsmanoeuvre van de aanstaande Slag om Midway. Attu, Agattu en Kiska werden hiermee het enige deel van de huidige Verenigde Staten dat tijdens de oorlog door vijandige troepen werd bezet.

Op Goede Vrijdag in 1964 werd Alaska getroffen door de Goede Vrijdag-aardbeving, een van de krachtigste aardbevingen die ooit zijn geregistreerd. De beving, die een kracht van 9,2 op de schaal van Richter had, kostte 131 mensen hun leven, merendeels door de tsunami die de beving had veroorzaakt.

Om de bewoners van Alaska mee te laten delen in de opbrengsten van het delven van grondstoffen, werd in 1976 het Alaska Permanent Fund opgericht. Hierdoor kreeg de staat meer inkomsten.

Aan het begin van de 21e eeuw was Alaska nog steeds een van de minst bevolkte staten van de Verenigde Staten met een bevolkingsdichtheid van slechts 0,42 per km².