Aanvankelijk was de grafkelder aangelegd als privé-crypte. Na schenking van deze ruimte aan de Kerk van Rome werd de crypte herbouwd en omgevormd tot begraafplaats van de pausen. In het totaal werden er zestien pausen in de catacomben begraven waarvan negen in de Catacombe van Sint-Calixtus. In deze crypte werden negen pausen begraven en acht bisschoppen uit de 3e eeuw. Hun namen zijn er in het Grieks geschreven, volgens het officieel gebruik van de Kerk van die tijd.

In de 4e eeuw veranderde paus Damasus I de crypte in een onderaards kerkje. Hij liet er een altaar plaatsen, waarvan nu nog de marmeren basis te zien is. In de zoldering liet hij een lichtkoker bouwen. Op de twee kolommen uit de 4e eeuw werd een architraaf geplaatst, waaraan bronzen lampen hingen ter ere van de martelaren.

Tijdens de Gotische Oorlog (535-554) in de zesde eeuw werden de toegangen tot de meeste catacomben afgesloten en verborgen om ze op die manier te kunnen behouden. Aan het einde van de achtste, begin negende eeuw werden in de strijd tussen het Byzantijnse Rijk, het Longobardische Rijk en het Frankische Rijk ook de laatste catacomben gesloten. Hierdoor geraakten ze tot 1854 in de vergetelheid. Enkel de catacombe van Sint-Sebastiaan waarvan de enige bewaarde ingang door de basiliek van Sint-Sebastiaan buiten de Muren beter beschermd was, ontging dit lot. Het beheer van de Calixtus-catacombe is sinds 1930 toevertrouwd aan de salesianen van Don Bosco.