Op de plaats van het huidige belfort stond oorspronkelijk een aantal hallen. De hallen bestonden uit verschillende overdekte markten voor voornamelijk wol- en lakenhandel en opslagplaatsen. De handelselite in Brugge besloot rond 1240 om de houtbouw te vervangen voor een stenen complex en ook een belfort op te trekken in steen met een houten spits, als symbool van de stedelijke welvaart. De toren had een meer administratieve functie: hij bevatte een schatkamer, het archief van de stadsrekeningen en functioneerde als zetel van de stadsschepenen.[1]

In 1280 brandde het bovenste deel af en daarmee ging het archief van voor 1280 verloren. Dit zorgde ervoor dat er een apart stadhuis werd gebouwd op de Burg waar de meeste administratieve functies naartoe verhuisden. Rond 1291-1296 werd de toren hersteld met de twee onderste vierkante bouwdelen en een houten spits.

De stadshallen werden verder in de 15e eeuw uitgebreid en van 1483 tot 1487 werd het achthoekige gotische bovengedeelte gebouwd, ook met een houten spits waarop het beeld van Sint-Michiel verscheen. Door een blikseminslag in 1493 brandde dit bovenste gedeelte opnieuw af alsook de stadsklokken. Bij de herstelling werd een houten spits met opklimmende leeuw gebouwd.

In 1741 brandde de torenspits opnieuw af en werd in 1753 hersteld, echter zonder torenspits[2]. In 1822 kreeg de toren de huidige neogotische kroonafwerking in plaats van een spits.

De toren begon in de 13e eeuw scheef te zakken in zuidoostelijke richting, wellicht als gevolg van een gedempte waterloop. Een correctie in westelijke richting werd toegepast bij de verhoging van de toren. Nochtans baarde het probleem al zorgen in de 16e eeuw. Om verder scheefzakken te verhinderen werden de hoeken van de toren in 1554 met zware pijlers versterkt. In 1964-1971 werd de toren grondig gerestaureerd. Het bleek echter niet nodig de funderingen extra te verstevigen om verder overhellen tegen te gaan.

Het belfort van Brugge is 83 meter hoog en helt lichtjes over (87 centimeter[3] richting Wollestraat). Om de top te bereiken moeten er 366 treden beklommen worden.