De oudste schriftelijke vermelding van Banská Štiavnica is uit het jaar 1156. Reeds in de 13e eeuw was de stad bekend vanwege de winning van goud en zilver. Veel van de inwoners waren Karpaten-Duitsers die zich hier op uitnodiging van de Hongaarse koning vestigden.

In 1735 werd in de stad, die toen Selmecbánya heette, de "Berg-Schola," het eerste instituut voor technisch onderwijs ter wereld opgericht. De stad was toen onderdeel van het Koninkrijk Hongarije, veel voormalige studenten en docenten waren betrokken bij de oprichting van de Technische Universiteit Boedapest. In 1919 verhuisde de school als gevolg van het verdrag van Trianon naar de Hongaars gebleven stad Sopron.

In 1782 gold de stad als de derde stad van het toenmalige Hongarije, na Pressburg (nu Bratislava) en Debrecen, met 23.192 inwoners. In 1919 werd de stad na het verdrag van Trianon van Hongarije afgescheiden en onderdeel van het nieuwe land Tsjechoslowakije, dat in 1927 de stad haar huidige naam gaf.

De bevolking van de stad bestond vanaf de 12e eeuw veelal uit Saksische kolonisten. Dankzij de mijnbouw trokken veel arbeiders van verschillende etnische groepen naar de stad. Ook nu nog zijn veel inwoners afstammelingen van de Saksen en andere etnische groepen.