Raja Ampat-øyene er ei øygruppe i Indonesia som ligger like nordvest for Fuglehodehalvøya på Ny-Guinea. Øygruppa tilhører provinsen Papua Barat, og utgjør et eget distrikt som i sin tur er delt inn i ti underdistrikter. Den består av over 1 500 øyer, holmer og sandbanker som omgir de fire hovedøyene er Misool, Salawati, Batanta og Waigeo, samt den noe mindre Kofiau. Øyene og det omkringliggende havområdet utgjør et areal på om lag 46 000 km².

Ved folketellinga i 2001 hadde øyene 47 771 innbyggere, og vekstraten var på 0,32 %. Det er 85 landsbyer til sammen på øyene. På øyene snakkes det ulike raja ampat-språk, som er ei undergruppe av den malayopolynesiske språkgruppa.