Puerto Princesa City er en by på øya Palawan på Filippinene. Byen er også hovedstaden i provinsen Palawan. Ved siste folketelling i 2007 hadde byen nesten 211 000 innbyggere. Puerto Princesa City grenser til kommunene San Vicente en Roxas i nord og Aborlan i sør. Vest for byen finner vi Sør-Kinahavet og Sulusjøen ligger i øst. Det totale arealet av byen er 2 308 km², og byen fra nord til sør ca 106 kilometer lang. Ved byen ligger Puerto Princesa internasjonale lufthavn.

Byen er kjent for sine krokodille-farmer og for sportsdykking.

Puerto Princesa City ble særlig hardt rammet da en tropisk syklon traff byen i november 2013. Store deler av byen ble ødelagt.