Folegandros (gresk: Φολέγανδρος) er en liten gresk øy i Egeerhavet som sammen med Sikinos, Ios, Anafi og Santorini utgjør den sørlige delen av øygruppen Kykladene. Dens overflate er på 32 km² og den har 765 innbyggere (2011) spredt over tre små landsbyer, Khora, Karavostasis, og Ano Meria, som er forbundet via en steinsatt vei. Folegandros er en del av den regionale enheten Thira (Santorini).