1984. gadā Ziemeļvalstu Gēnu banka sāka uzglabāt kultūraugu sēklu rezerves kopijas pamestā akmeņogļu raktuvē netālu no Longjērbīenes. 2001. gadā tika pabeigts Starptautiskais līgums par pārtikas un lauksaimniecības augu ģenētiskajiem resursiem (ITPGRFA), kura ietvaros tika nolemts izveidot starptautisku, visiem pieejamu augu ģenētisko resursu sistēmu. Šī nolīguma ietvaros Pārtikas un lauksaimniecības organizācijas apakšstruktūras vērsās pie Norvēģijas valdības ar ierosinājumu apsvērt globālas glabātuves ierīkošanu Svalbārā. 2004. gada novembrī Norvēģijas valdība pieņēma lēmumu finansēt un izveidot globālu sēklu glabātuvi.

Glabātuve tika izbūvēta laika periodā no 2006. līdz 2008. gadam un izmaksāja 45 miljonus kronu (ap 9 miljoni USD). Glabātuvi oficiāli atklāja 2008. gada 26. februārī, klātesot Norvēģijas premjerministram Jensam Stoltenbergam, Eiropas Savienības prezidentam Žuze Manuelam Barozu, Pārtikas un lauksaimniecības organizācijas ģenerāldirektoram Žakam Djufam un Nobela prēmijas laureātam Vangari Maatai.[1]