Materos apylinkės apgyvendintos nuo paleolito laikų. Miestą tariamai įkūrė romėnai III a. pr. m. e. ir pavadino Meteola konsului Liucijui Cecilijui Metelui atminti. 664 m. miestą užėmė lombardai ir jis tapo Benevento kunigaikštystės dalimi. VII-VIII a. gretimuose urvuose įsikūrė benediktinai ir graikų stačiatikiai. IX-X a. čia vyko kova tarp saracėnų, Bizantijos ir Šventosios Romos imperatoriaus, įskaitant Liudviką II, kuris sugriovė miestą. Apulijoje apsistojus normanams Meterą valdė nuo 1043 m. Viljamas Geležinė ranka.

Po kelių maro epidemijų ir žemės drebėjimų XV a. miestas tapo Aragono nuosavybe ir buvo atiduotas kaip feodas Tramontano šeimai. Bet 1514 m. gyventojai sukilo ir nužudė grafą Džiovanį Karlą Tramontaną. XVII a. Matera atiteko Orsinių šeimai ir tapo Terre d’Otranto di Puglia dalimi. Vėliau miestas tapo Bazilikatos sostine, kol Juozapas Bonapartas 1806 m. ją perkėlė į Potencą.

1927 m. ji tapo Materos provincijos sostine. 1943 m. rugsėjo 21 d. Matera buvo pirmasis Italijos miestas sukilęs prieš vokiečių okupaciją.

2014 m. spalio 17 d. Matera buvo išrinkta 2019 m. Europos kultūros sostine.[1]