დაარსების დღიდან, მონასტერს მატერიალურად ეხმარებოდა და პატივს მიაგებდა ბულგარეთის თითქმის ყველა მმართველი. განსაკუთრებით დიდ შემოწირულობებს მონასტერი ბულგარეთის მეორე იმპერიის მმართველთაგან იღებდა, სანამ ქვეყანას ოსმალეთის იმპერია დაიპყრობდა. ამ დროს, რილის მონასტრერი ბულგარეთის ეროვნული თვითშეგნების კულტურული და სულიერი ცენტრი ხდება და განვითარების აპოგეას XII-XIV საუკუნეებში აღწევს. XV საუკუნის ბოლოს, რუსეთის მართლმადიდებელი ეკლესიისა და ათონის მთაზე მდებარე როსიკონის მონასტრის დახმარებით, რილის მონასტერს რეკონსტრუქცია ჩაუტარდა.

უცხოური მმართველობის დროს, კომპლექსი ბულგარული ენისა და კულლტურის ნამდვილ საცავს წარმოადგენდა. ბულგარეთის ეროვნული აღორძინების დროს (XVIII-XIX საუკუნეები), 1833 წელს, მონასტერი ხანძარმა გაანადგურა, თუმცა 1834 - 1862 წლებში, მთელი ქვეყნის შეძლებული ადამიანების დახმარების წყალობით აღდგენილ იქნა. 1816 წელს დაიწყო სარეზიდენციო ნაგებობის მშენებლობა, 1844 წელს კი სამრეკლო კოშკი დაემატა.

სამონასტრო კომპლექსი, როგორც ბულგარული არქიტექტურის უმთავრესი შედევრი, 1976 წელს ეროვნულ ისტორიულ მონუმენტად გამოცხადდა, 1983 წელს კი იუნესკოს მსოფლიო მემკვიდრეობის სიაში შევიდა. 1991 წლიდან, იგი მთლიანად ბულგარეთის მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა სინოდის დაქვმდებარებაშია.

2002 წლის 25 მაისს, მონასტერს ბულგარეთის მოლოცვისას ეწვია რომის პაპი იოანე პავლე II.