ქალაქი დაარსდა XIX საუკუნეში, როგორც ვაჭრობის ცენტრი და ეწოდებოდა გონდოკორო. ბრიტანელების სუდანის სამხრეთი ნაწილის უგანდასთან გაერთიანების სურვილმა კრახი განიცადა, როდესაც 1947 წელს ჯუბაში ხელი მოეწერა შეთანხმებას ჩრდილოეთი და სამხრეთი სუდანის გაერთიანების შესახებ. 1955 წელს ქალაქში ჯარისკაცების ამბოხს სამხრეთიდან მოჰყვა სუდანის პირველი სამოქალაქო ომი, რომელიც მხოლოდ 1972 წელს დამთავრდა.

1977 წელს ქალაქში გაიხსნა უნივერსიტეტი. სუდანის მეორე სამოქალაქო ომის პერიოდში ჯუბა იმყოფებოდა მოვლენათა ეპიცენტრში. დამოუკიდებლობის გამოცხადების შემდეგ ქვეყანაში გაჩნდა იდეა, რომ დედაქალაქი გადაეტანათ და აეშენებინათ სხვა ადგილზე[1]. 2011 წლის 4 სექტემბერს სამხრეთ სუდანის მთავრობამ მიიღო გადაწყვეტილება დედაქალაქი გადაიტანონ ჯუბიდან ქალაქ რამსელში, დღევანდელი დედაქალაქიდან ჩრდილოეთით 240 კმ-ზე, რადგანაც ცენტრალური ეკვატორიის შტატის ხელისუფლებამ, რომელ ტერიტორიაზეც ჯუბა მდებარეობდა, ცენტრალურ ხელისუფლებას უარი უთხრა შესაბამისი რაოდენობის მიწის გამოყოფაზე ახალი სახელმწიფო შენობების ასაშენებლად. დედაქალაქის გადატანას შეიძლება დასჭირდეს დაახლოებით 6 წელი, რადგანაც რამსელში უნდა აშენდეს ბევრი სამთავრობო ობიექტი[2]..