კუნძული პოლინეზიელებით ყოფილა დასახლებული ახ. წ. IV საუკუნიდან. პირველი ევროპელი, რომელიც ბორა-ბორაზე გამოჩნდა, იაკობ როგევენი იყო 1722 წელს. იმავე წლებში კუნძულს ესტუმრა ჯეიმზ კუკიც. 1820 წელს ბორა-ბორაზე გამოჩნდა ლონდონის მისიონერული საზოგადოება, რომელმაც 1890 წელს იქ პროტესტანტული ეკლესია დააარსა. ბორა-ბორა დამოუკიდებელი სამეფო იყო 1888 წლამდე, როდესაც უკანასკნელ დედოფალ ტერიმაევარუა III-ს ფრანგებმა გადადგომა აიძულეს და კუნძული საკუთარ კოლონიად გამოაცხადეს.

მეორე მსოფლიო ომის დროს, აშშ-მა ბორა-ბორა სამხრეთ წყნაროკეანური სამხედრო ძალების მოსამარაგებელ ბაზად აირჩია, საიდანაც აწვდიდა ნავთს, აერსტრიპტებს, იყენებდა თვითმფრინავების დასაჯდომად, აშენდა დამცავი ფორტიფიკაციაც. „ოპერაცია ბობკატის“ სახელით ცნობილ კუნძულს 9 გემის ძალების მომარაგება შეეძლო, 20 000 ტონა შეიარაღება და დაახლოებით 7 000 კაცი. კუნძულის გარშემო, სტრატეგიულ ადგილებზე განლაგდა შვიდი საარტილერიო ბაზა, რომელთაც ის პოტენციური სამხედრო თავდასხმისგან უნდა დაეცვა.

მიუხედავად ამისა, ბორა-ბორა საომარ მოქმედებებში უშუალოდ არასოდეს ჩართულა. აშშ-ის სამხედრო ბაზა ოფიციალურად 1946 წლის 2 ივნისს დაიხურა. მეორე მსოფლიო ომის დროს აშენებული ასაფრენი ზოლი, რომელსაც დიდი ხომალდების მიღებაც არ შეეძლო, 1960 წლამდე საფრანგეთის პოლინეზიის ერთადერთ საერთაშორისო აეროპორტად რჩებოდა, სანამ ტაიტის დედაქალაქ პაპეეტეზე ფააას საერთაშორისო აეროპორტი გაიხსნებოდა.[1]