現在の紫禁城は1406年から1421年にかけて、元王朝の「クビライ大都宮殿」の位置に基づいて造られた。 1369年、明の洪武帝はモンゴル人の王朝である元王朝の宮殿を取り壊すように命じた。1406年、永楽帝の時代に南京から北京に遷都し、取り壊された元王朝の宮殿の跡地に今の紫禁城の建設を開始した[1]。 建設は 14年間続き、10万人の熟練した職人と最大 100万人の労働者が完成に貢献した[2]。

明王朝による1421年の南京から北京への帝都遷更以降、清王朝の滅亡まで、約400年間中国皇室専用の宮殿として使われていた。

1644年、明への反旗を翻した李自成軍は北京を占領し、その際に紫禁城の一部を焼き尽くした。しかし、満洲族が建国した清王朝は李自成を北京から駆逐し、紫禁城を再び修繕した。火事で焼けずに残った建物は明の時代から変わらず漢民族の旨趣を維持した一方、新たに改築された建物は満洲族の建築の特徴を加え、満漢両方の要素を備えた宮殿となった。その後紫禁城の様式は変わることなく現代に至る。

1900年の義和団の乱では西太后と光緒帝が西安に逃亡し、イギリス・フランス・アメリカ・ドイツ・ロシア・オーストリア＝ハンガリー帝国・イタリア・日本による八カ国連合軍に占領された[3]。

1908年12月、西太后が愛新覚羅溥儀を次代の皇帝に指名したことにより、溥儀はわずか2歳10か月で皇帝に即位させられて清朝の第12代宣統帝となり、紫禁城に居を構えた中国最後の皇帝となった。

1911年10月に辛亥革命が起き、袁世凱の要求を受けて1912年2月に溥儀は退位したが、中華民国臨時政府の「優待条件」として溥儀とその一族は、紫禁城の内廷での居住を許された。

しかし、1924年10月の馮玉祥による北京政変の際、11月5日を以て溥儀をはじめとする皇族には紫禁城から退去するよう通告され、その後は故宮と呼ばれルーヴル美術館などの例に倣い1925年10月10日に博物館として組織された。1949年に、中国共産党の指導者の毛沢東は城門の一つである天安門で中華人民共和国の建国を宣言した。

1961年に、中国国務院より国家重要文化財、1987年にユネスコより世界遺産に認定された。現在は建物自体も明と清の歴史を伝える故宮博物院の文物の一つとして一般開放されている。