スーサの歴史は古く、アクロポリスからは紀元前4000年にまで遡る神殿跡が発掘されている。放射性炭素年代測定によると、早ければ紀元前4395年にまでさかのぼる[1]。紀元前30世紀から紀元前7世紀に跨がるエラム王国の首都であった。

紀元前647年、アッシリアのアッシュールバニパルによって破壊された（スーサの戦い）。

紀元前540年、アケメネス朝ペルシャの王キュロス2世に占領されてエラムは滅んだが、王宮が置かれて王の道の起点として再び栄えた。

ダレイオスが紀元前331年のガウガメラの戦いでマケドニア王国のアレクサンドロス3世に敗れてアケメネス朝が滅んだ後、紀元前324年、アレクサンドロスは帝国内の安定を図ろうと家臣と征服部族とのスーサの合同結婚式（英語版）を行ったとの記録がある。

直後の紀元前323年にアレクサンドロスは死亡し、アレクサンドロスの部下であったセレウコス1世が立ち、スーサはセレウコス朝の支配下に入った。紀元前250年頃にセレウコス朝の総督 (サトラップ)だったアンドラゴラスがセレウコス朝からの独立を宣言したものの、直後の紀元前247年頃にパルニ氏族によって放逐されて、以降はパルティアと呼ばれ、セレウコス朝とは敵対する時代となる。遺跡から多くのパルティア時代の陶器等の遺物が発見されていることからパルティア時代に至ってもスーサは都市としての繁栄を続けたと考えられる。

その後116年頃のローマ皇帝トラヤヌスの侵攻によりスーサも占領された[2]。

サーサーン朝のシャープール2世時代（309年 - 379年）に再建された[3]。

638年はムスリムの侵攻を受け、モスクなどの遺構は残ったが、1218年モンゴルが侵略した。その後、住民のほとんどは北部のデズフールなどに移動し、現在は小さな集落のみとなっている。5世紀から13世紀の間はかなりの東方教会のキリスト教徒がいたようである。