スペイン人が到達した当時、この地域はカシカスゴ・デ・ハグア（Cacicazgo de Jagua）と呼ばれており、先住民が住んでいた。

都市は、Don Louis D'Clouetに率いられたボルドーやルイジアナからのフランス系移民によって、1819年4月22日に建設された[1]。建設当時の町は、スペイン王フェルナンド7世にあやかって「フェルナンディナ・デ・ハグア」（Fernardina de Jagua）と呼ばれていた。集落は1829年に町（Town）になり、1830年に都市（City）になった。のちに、島の総司令官シエンフエーゴスに因み、都市もシエンフエーゴスと呼ばれるようになった。

キューバ革命時にはシエンフエーゴスでもバティスタ政権に対する反乱が起き、1957年9月5日には爆撃された[2]。

2005年に、旧市街が「シエンフエーゴスの都市歴史地区」として、ユネスコの世界遺産に登録された。