オフネットヘーレンの発掘は、現在のネルトリンゲンの市域には旧石器時代後期から定住者があったことを示している。ネルトリンゲンの市域には、その後のほぼあらゆる前史時代の発掘地が見られる。特に興味深いのはバルディンゲン区の東端近くで、ここには、線帯文土器文化時代、新石器時代、骨壺埋葬文化、ハルシュタット時代、ラ＝テーヌ時代の入植者が定住していた。ここには火葬墓地を有するローマ時代の村 (Villa) もあった。

西暦85年頃に市の南に入植地 (vicus) を有するローマ帝国の城が築かれたが、259年から260年に現在の南ドイツがアレマン人によって征服されたことで零落していった。この入植地の名前は、おそらく Septemiacum であったと推測される。このラテン名は、Tabula Peutingeriana によって確かな形で伝えられているのだが、このローマ人入植地が現在のネルトリンゲンを指すものであるかどうかは完全に確定できない。ローマ時代の荘園 (Villa rustica) がホルハイム区で発掘され、見学できる。ローマ時代のネルトリンゲンは全般的に研究がなされている。

6世紀から7世紀のアラマン人入植地が証明されている。この時代の墓地が3カ所ネルトリンゲン市内で発掘されている。

<Nordilingin>（750/802）が最も古い表記であるが、これは「北」とは関係なく、*Nordiloという人名に由来すると考えられる[1]。"Nerdilinga" は898年にカロリング朝の王領として記録されている。レーゲンスブルク司教の統治下でネルトリンゲンは市場町に成長していった。

1215年にネルトリンゲンは皇帝フリードリヒ2世から都市権を与えられ、帝国自由都市となった。この年に最初の市壁が築かれた。その縄張りは現在も街の地図に見て取れる。1219年、ネルトリンゲンの聖霊降臨祭についての最も古い文献上の記録が遺されている。重要な交易路が交差するこの都市は穀物、家畜、織物、毛皮、金属製品の主要な集散地に発展していった。ヴォルフラム・フォン・エッシェンバッハ （Wolfram von Eschenbach, 1160年/1180年頃 - 1220年頃またはそれ以降）は叙事詩『ヴィレハルム』において、この地で亜麻の生産が盛んだったと推測される記述をしている[2]。13世紀後半以降、2週間にわたる市が開かれ、ネルトリンゲンはフランクフルトと並ぶドイツで最も重要な遠距離交易都市の一つとなったのである[3]。

1238年の火災で都市の大部分は焼失したのだが、ただちに復興された。三世代後には市壁の外にも多くの手工業者、特に革なめし工や織工が住み着いていた。そこで1327年から14世紀末にかけて、郊外地を組み入れる、今も遺る市壁が建設された。これにより市壁内の面積は4倍の50 ha に拡大した。人口は5000-6000人であった[3]。1427年に聖ゲオルク教会の建設も始まった。

1529年のシュパイヤー帝国会議で、この都市はプロテスタントを支持する少数派に属した。市民はプロテスタント信仰の拡大が妨害されないことを要求した。1555年にネルトリンゲンの宗教改革が確定した。

ネルトリンゲンでの魔女狩りの歴史は記録がよく遺されている。1589年から1598年までの間に34人の男女が魔法使いとされ、火あぶりで処刑された[4]。

 ネルトリンゲンの戦い (1634年)

三十年戦争で歴史の転換点となったのがネルトリンゲン包囲戦とそれに続く1634年に起きたネルトリンゲンの戦いである。この戦いでスウェーデン＝プロテスタント軍は初めて皇帝＝ハプスブルク軍にはっきりとした敗北を喫したのであった。ネルトリンゲンは勝者に城門を開かねばならなかったが、高額の賠償金を支払うことで略奪行為を免れた。しかし、この都市は包囲戦からその後にかけて飢餓や病気で住民の半分以上を失うという被害を受けていた。さらにその後のスペイン継承戦争でも、近くで起こったヘーヒシュタットの戦いによりこの都市は打撃を被っている。

 1643-1656年頃のネルトリンゲン

戦争の後、交易は港湾都市で行われるようになり、ネルトリンゲンは交易中心都市としての機能を喪失した。この時代の沈滞が、中世の風景が現代まで遺された理由である。

1802年にバイエルン選帝侯はこの都市を併合し、これにより帝国都市の地位も失われた。

1849年5月15日、ルートヴィヒ南北鉄道の操業開始によってネルトリンゲンはバイエルン王立国営鉄道の鉄道網に接続した。1861年7月25日、ヴュルテンベルク王立国営鉄道がカンシュタットからアーレンを経由してネルトリンゲンまで完成した。この路線は1863年に全線開通した。

 1918年のネルトリンゲンのブレッターマルクト

中世からネルトリンゲンにはユダヤ人家族が定住していた。死者はネーアメンミンガー・ヴェクのユダヤ人墓地に葬られ、1885年にはクロイツガッセ 1に新しいシナゴーグが建設された。この神殿は1938年11月の迫害運動で親衛隊員に荒らされた。現在のプロテスタント組織事務所に掲げられた記念プレートがこの事件をしのばせる。また、1979年にユダヤ人市民によって屋根が設けられたユダヤ人墓地の記念プレートは、ホロコーストの犠牲者を追悼して建立されたものである[5]。

1939年になってネルトリンゲンの人口はやっと1618年（すなわち三十年戦争前）の水準に復した。

第二次世界大戦では空爆によって1945年春に33人が命を落とした。駅や多くの住宅が破壊され、聖ゲオルク教会も大きな損傷を被った。しかし歴史的旧市街の遺構はほとんど無傷で遺された。

戦後はアメリカ軍の管理地域に属した。アメリカ軍司令部は Displaced Person（DP、旧ドイツ領の東プロイセンやシレジア、チェコ領であったズデーテン地方などから追放された人々）のための難民収容所を設けた。この収容所はUNRRAにより運営され、約500人のDPに宿を提供した。その多くはラトビアやリトアニアからの人々であった。

戦後ネルトリンゲンには4500人を超える故郷を失った人々が定住した。

バイエルン州の郡域再編に伴い、1972年7月にネルトリンゲンは郡独立市の地位を失い、新たに創設されたネルトリンゲン＝ドナウヴェルト郡に編入された。この郡は1973年5月1日に「ドナウ＝リース郡」と改名された。

^ Dieter Berger: de:Duden, geographische Namen in Deutschland: Herkunft und Bedeutung der Namen von Ländern, Städten, Bergen und Gewässern. Mannheim/Wien/Zürich: Bibliographisches Institut, 1993 (ISBN 3-411-06251-7), S. 200. ^ 『ヴィレハルム』295詩節「（異教徒の王ジナグーンの保持していた）剣は長く、輝き、諸刃は充分研がれていた。刃とその溝は欠けることなく、柄は頑丈で太かった。ネルデリング（ネルトリンゲン）にもこれほど大きい亜麻打棒はない」。ヴォルフラム・フォン・エッシェンバハ「ヴィレハルム」第6巻（伊東泰治・馬場勝弥・小栗友一・松浦順子・有川貫太郎訳）〔名古屋大学教養部・名古屋大学語学センター　紀要Ｃ（外国語・外国文学）21輯　1977、112-113頁〕- Wolfram von Eschenbach: Willehalm, Nach der Handschrift 857 der Stiftsbibliothek St. Gallen, herausgegeben von Joachim Heinzle, Deutscher Klassiker Verlag, Frankfurt am Main, 1991, Bibliothek deutscher Klassiker, Bibliothek des Mittelalters, S. 1017. ^ a b Lexikon des Mittelalters. Bd. VI. München: LexMA 1993 (ISBN 3-7608-8906-9), Sp. 1237. ^ ネルトリンゲンの魔女狩り[リンク切れ] ^ Gedenkstätten für die Opfer des Nationalsozialismus. Eine Dokumentation, Band 1. Bundeszentrale für politische Bildung, Bonn 1995, ISBN 3-89331-208-0, S. 179