紀元前11世紀初頭よりイオニア人が住みついたとされている。フテリア海岸（Ftelia）には紀元前3000年前後の新石器時代のカレスの遺跡も発見されたとも伝えられている。ギリシア神話ではゼウスとギガースの戦いの地として知られ、島の名はアポローンの孫・ミコノスの名より取られたとされる。古代では2kmに隣接している栄えた島デロス島への農産物供給地及びデロス人の休息地として栄えたと考えられている。