カーリエ博物館は正教会の修道院の付属聖堂であり、本来の名称はコーラ修道院付属ソーテール（救世主）聖堂（ἡ Ἐκκλησία του Ἅγιου Σωτῆρος ἐν τῃ Χώρᾳ）である。この建物を擁したコーラ修道院の起原は古く、設立は6世紀から7世紀と考えられる。コーラとはギリシア語で田舎ないしは郊外を意味しており、その名の通り、修道院の敷地はコンスタンティノポリスの北西、中心部から遠い第六丘陵に位置した。さらに、コーラという言葉は、正教会（キリスト教）において藉身（受肉）の神秘を指す象徴的な意味をも持っている。

現在残っている聖堂の建設過程は複雑で、始まりは12世紀初期にアレクシオス1世コムネノスの子イサキオス・コムネノスによって建設された建物が母体になっている。身廊とアプス、ヴォールトの一部はこの時のものがそのまま残っていると考えられる。ドームは直径7mで、この時代の平面形式は円蓋式バシリカに近いものであった。この形態の教会堂は、暗黒時代にあたる時期のビザンティン建築に特有のものであったため、考古学的調査で明らかになるまでは7世紀頃の創建と考えられていた。

14世紀前期の増改築は、政治家兼学者のテオドロス・メトキテスによって行われた。1321年3月に完成したことが明らかなので、1316年から1321年にかけてドームの改築、身廊の周囲に内外2つのナルテクスと南側の墓廟礼拝堂（パレクリシオン）の設置が成され、内陣左右の小礼拝堂が付加された。その結果、建物はかなり不規則な形状となり、軸線はずれ、ナルテクスは大きさの異なる石造ベイによって分節されている。このように、建築としての質はよくないが、今日見ることのできるフレスコ画は、このときに画かれたものである。

オスマン帝国時代になるとモスク（イスラム教礼拝堂）に転用され、カーリエ・ジャーミーと命名された。聖堂からモスクへと改修されるにあたり、聖堂内部の装飾は麻布と漆喰によって塗り込められ、内陣にはミフラーブが作られた。さらに、ミナーレ（ミナレット）が追加され、ドームは漆喰を上塗りした木造のものに作り替えられた。19世紀末には、アーチが連続していた西側および南側正面の軒部分は水平に改装されている。

1948年から1958年にかけて、ポール・アンダーウッド率いるアメリカのビザンティン研究所によって上塗りが除去され、ビザンティン美術末期の装飾が蘇った。1958年、カーリエ・ジャーミイは無宗教の博物館に変更され、今日、一般に公開されている。