スペイン植民地支配の時代、当初島全体を統括していたカラミアン州が三分割され、プエルト・プリンセサは島南部を管轄するアストゥリアス州（Asturia）の州都となった。しかしパラワン島の中心は、最初にスペインが支配しカラミアン州の州都でもあった島北部のタイタイ（Taytay）だった。20世紀に入りアメリカ合衆国の支配が始まると、パラワン島はパラワン州に再編され、プエルト・プリンセサが州都となった。

 1904年に作製されたプエルト・プリンセサ港の海図