元々は狩猟採集民族であるサン人が食料（果物、水、野生動物など）を求めて移動しながら生活していた。現在でも公園内にかつての岩絵を見ることができる。

20世紀初頭、のちにボツワナとなる土地はいくつかの異なる土地賃貸法によって分割された。その際、国立公園の大半の領域は王室御料地となり、1931年、国立公園として野生生物を保護する構想が作られた。翌年、チョベ区域(Chobe district)の周辺24000km2が公式に狩猟禁止区域となり、さらに2年後には31600km2に拡大された。

1943年にツェツェバエによる感染症が流行して一時は動きが止まったものの、ようやく1953年に政府によって21000km2のエリアを動物保護区にすることが推薦された。

その結果、面積は狭いものの1960年にチョベ動物保護区が成立し、1967年には国立公園に指定された。その時点においては、区域内にはセロンデラの林業地域をはじめとしていくつかの入植地があったが、その後徐々に移住が進み、1975年には全域で人間の居住がなくなった。セロンデラの林業跡地は今でも見ることができる。また、1980年と1987年の2回にわたってエリアが拡大された。