世界遺産構成資産の登録IDは発見年代順になっていないため、まず背景となる発見の歴史を概括的に扱っておく。なお、この節に登場する太字は世界遺産を構成する化石出土地域などの名前である。

1924年当時、すでにクロマニョン人、ネアンデルタール人などの存在は知られていたが、人類の祖先が南アフリカにいた可能性を想定した者はいなかった。類人猿から人類が進化したのなら、類人猿が生息するような熱帯雨林が見られない南アフリカにいたはずがないと思われていたのである。これはヨーロッパの学者だけの認識ではなく、南アフリカの学者たちも同様であった[1]。

ウィットウォータース大学（英語版）のレイモンド・ダートは、女学生が示したタウング（当時はベチュアナランド領）で見つかったというヒヒの骨に興味を持ち、同僚のロバート・バーンズ・ヤングを通じて、その石灰石採掘場の所有会社と交渉し、化石を含む岩塊の箱を送ってもらうことができた[2]。ダートはその中から類人猿のものと明らかに異なり、大後頭孔の位置から直立二足歩行をしていたと考えられる未知の生物の頭蓋を発見した[3]。ダートはこれを人類進化のミッシングリンクを埋める可能性のある新種アウストラロピテクス・アフリカヌスの模式標本と位置づけ、その論文を翌年1月までにまとめて『ネイチャー』に投稿し、翌月掲載された。その化石人骨は一般に「タウング・チャイルド」ないし「タウング・ベビー」と呼ばれる。

しかし、当時はまだ、ヨーロッパ人の先祖と信じられた「ピルトダウン人」が支持を集めていた時期であり、ダートの骨は類人猿の骨に過ぎないと過小評価された[4]。ピルトダウン人に比べればはるかに脳容量が小さかったし、イギリスで発見されたと言われていたピルトダウン人に対し、タウング・チャイルドの発見地がアフリカであったことも否定的に判断される原因になった[5]（ピルトダウン人に偽作の疑いが強まり、捏造と判明するのは1950年代のことである）。

そのような手ひどい扱いのせいで、ダート自身は一時期、古人類学から手を引くが、かわりにプレトリアのトランスヴァール博物館に勤務していた古生物学者ロバート・ブルームが発掘にいそしんだ。彼は1936年にスタルクフォンテインで発掘を開始し、アウストラロピテクス・アフリカヌスの化石を発見し、1938年に発掘を始めたクロムドライではパラントロプス・ロブストゥスを発見した[6]。さらに1948年にはスワルトクランスの発掘にも着手し、アウストラロピテクスだけでなくヒト属の化石も発見し、それらが同時代に生息していたことをはじめて示した[7]。

こうした一連の発見に触発されたダートも1947年から発掘を再開し、マカパンスガットでアウストラロピテクスが獣の骨を武器にして争いあい、野蛮な生活を送っていたとする「骨歯角（こっしかく）文化」の痕跡を見つけたと主張していた。彼のこうした主張はまったくの謬見として後に否定されることになるが[8]、マカパンスガットそれ自体は、南アフリカでも最古の部類に属する層を含む化石出土地と認識されている[9]。

1990年代以降もドリモレン、ゴンドリンといった新たな化石出土地域が見つかり、多くの化石人骨が出土している[10]。2008年にはグラディスヴェールに近い石灰石採掘場跡（のちにマラパと命名）で、新種のアウストラロピテクス・セディバが発見され、人類進化の中でどのように位置づけるべきか、議論を呼んでいる[11]。