Il 13 settembre 1902 un gruppo di giovani provenienti dalla nobiltà fondò il primo club di rugby a Perpignano, l'Association sportive perpignanaise (ASP), imponendosi da subito come una delle formazioni sportive più rappresentative del Rossiglione. A causa di alcune tensioni all'interno del club, nel 1912 si formò lo Stade Olympien Perpignanais (SOP) dai membri fuoriusciti dall'ASP.

Per la stagione 1912-13, l'arrivo del tecnico gallese Rowland Griffiths, reduce dalla finale del campionato precedente con il Racing Club, diventò decisivo per la crescita del club: la stagione successiva accedette al girone nazionale con Le Havre, Tolosa e i campioni in carica del Bayonne. Perpignano, Tolosa e Bayonne terminano a pari punti e si rese necessario uno spareggio; il triangolare vide trionfare i catalani e permettergli l'accesso alla finale. Contro Tarbes la trasformazione di Aimé Giral consegnò il primo titolo al Perpignano[1]. La guerra fece numerose vittime tra cui proprio Giral a cui verrà intitolato lo Stadio Aimé Giral.

Alla fine della prima guerra mondiale, il 7 maggio 1919, i due club perpignanesi (ASP e SOP) si unirono dando vita all'Union Sportive Perpignanaise (USP). Nel frattempo un altro club perpignanese raggiunse l'élite del rugby francese: il club Arlequin Club Perpignanais (chiamato Quins o Arlequin in catalano). Per sigillare l'accordo i leader adottarono la maglia celeste, su pantaloncini bianchi e calze color sangue e oro[2]. Nel 1921, a Béziers, arrivò il secondo successo in campionato. Tra il 1924 e il 1926, l'USP disputò tre finali consecutive: dopo aver perso contro il Tolosa, vinse quella del 1925 contro Carcassonne (5-0 nella seconda finale dopo l'interruzione della prima a 0-0 a causa del maltempo) e perde l'ultima contro il suo grande rivale Tolosa.

Nel frattempo tra gli altri club esistenti a Perpignano, l'Arlequin Club Perpignanais (chiamato Quins) arrivò alla finale della seconda divisione (sconfisse 18 a 6 contro il Vienne) e raggiunse l'élite del rugby francese nel 1927 proponendo derby infuocati con la più blasonata USP. I due club persero alcuni giocatori importanti che si unirono al Quillan a cui vennero fatte accuse di professionismo. Privati dei loro migliori giocatori, i due club catalani giocarono campionati mediocri fino al 1930 quando le critiche al professionismo furono all'origine della divisione tra l'Unione francese rugby dilettantistico (UFRA) e la Federazione Rugby francese (FFR): l'USP scelse di seguire i club dissidenti e competere nel campionato UFRA mentre gli Arlequins rimasero nella FFR.

L'Union Sportive Arlequins Perpignanais nasce il 5 maggio 1933, momento in cui i due maggiori club della città si fusero (US Perpignan e l'Arlequins) dando vita all'USAP, il presidente fu Pierre Nicolau (ex presidente dell'USP) e il suo vice Joseph Bazia (ex presidente degli Arlequins). Nuove tensioni interne esplosero e nel 1934 venne rifondata l'Association sportive perpignanaise (ASP) che si avvicinò al Rugby Football League e più tardi, il 24 agosto 1934, fu fondato un club di rugby league, il XIII Catalan (tra i costituenti della Ligue Française de Rugby à XIII).

Nonostante il conflitto tra le due discipline, alimentato dal professionismo, l'Union Sportif Arlequin Perpignan riuscì a conquistare il titolo nel 1937-38 e disputare numerose finali. Inizia la seconda guerra mondiale e nel settembre 1940, il club fu costretto a lasciare lo Stadio Jean-Laffon e si trasferì allo Stade Aimé-Giral. Nel 1942, sotto la pressione dello Stato di Vichy, il termine Arlequins è sostituito da Athlétique[3]. La guerra farà nuove vittime tra i ranghi perpignanesi tra cui spicca Gilbert Brutus. Alla ripresa delle attività sportive, nel campionato 1943-44 arrivò il quinto titolo nella finale di Parigi contro i campioni in carica del Bayonne.

Negli anni '50 a dominare la scena rugbistica francese fu il Lourdes che i catalani troveranno in due finali: quella persa nel 1951-52 e la vittoria nel 1954-55. Gli anni sessanta videro il club aprirsi verso l'esterno con l'arrivo di giocatori non catalani tra cui Jo Maso. Fatta eccezione per la stagione 1976-77 in cui si raggiunse la finale per il titolo persa contro Béziers, furono anni bui per l'USAP, nonostante un fiorente settore giovanile.

All'inizio degli anni '90, il club tornò ai vertici raggiungendo regolarmente le finali senza riuscire a superare i quarti di finale. Finalmente nel 1994 il primo trofeo dal 1955: la terza Challenge Yves du Manoir contro Montferrand (18-3).

Nel 1995, l'IRB accettò il professionismo e il club dovette strutturarsi come società per azioni con oggetto sportivo (SAOS) presieduto da Jacques Rodor. Dal punto di vista sportivo, la squadra disputò la prima finale allo Stade de France nel 1998, persa contro lo Stade français (34-7). Nella prima metà degli anni 2000, il club catalano raggiunse sistematicamente i play-off del campionato e disputò una nuova finale, persa nel 2004 ancora una volta contro lo Stade français (38-20).

Perpignan gioca regolarmente anche la Heineken Cup giocando una finale nel 2003 contro lo Tolosa persa per 22-17.

Nel 2007 Jacques Brunel assunse il ruolo di allenatore e durante la stagione 2008-2009 l'USAP terminò al primo posto la fase regolare, dopo aver eliminato lo Stade Français, il club conquistò il suo settimo Bouclier de Brennus della sua storia contro l'Clermont. L'anno successivo fu Clermont ad avere la meglio.

A cento anni dal primo titolo (1914), nel campionato 2013-14 terminò al penultimo posto e venne retrocessa in Pro D2. Dopo anni con prestazioni altalenanti, finalmente vince il campionato Pro D2 2017-18[4] e viene promossa nel campionato Top 14 che però non riesce a confermare e dopo una sola stagione e nuovamente retrocessa.