La Struttura Yonaguni (与那国島海底地形 in giapponese, Yonaguni structure in inglese) o Monumento di Yonaguni è una grande struttura in pietra che venne scoperta sui fondali marini al largo delle coste meridionali dell'isola di Yonaguni in Giappone alla fine del XX secolo.

I fondali marini contengono quelle che sembrano essere le rovine di una civiltà formatasi alla fine dell'era glaciale. La loro somiglianza con altri reperti del mondo antico ha portato qualche studioso a teorizzare che potrebbero essere i resti di un'antica civiltà risalente a 10.000 anni fa. Altre analisi indicano che l'origine della struttura, che misura 120 m in lunghezza, 40 m in ampiezza e 20–25 m in altezza, possa risalire ad 8.000 anni fa.

La scoperta avvenne nel 1987, quando alcuni subacquei si immersero nelle acque a sud dell'isola per studiare la popolazione di squali martello che si radunano nella zona. Fu il giapponese Kihachiro Aratake, nel corso di queste immersioni, che scoprì per caso quella che gli sembrò una struttura architettonica, una parte della quale è stretta tra due pilastri che si innalzano a otto metri dalla superficie. Nel loro insieme, le strutture rinvenute richiamano le piramidi egiziane.

Da allora molti sono i ricercatori che hanno studiato il fenomeno, malgrado la presenza di forti correnti oceaniche, che rendono proibitive le immersioni. Dopo le indagini preliminari nel 1992 e nel 1994, sono state condotte altre indagini dal 1997 al 1999. Nel 2002 è stata condotta anche un'indagine utilizzando un robot televisivo subacqueo. Anche l'Underwater Engineering Research Center, dell'Università di Tokyo ha condotto un'indagine nel 2005.

Da un punto di vista turistico, è un popolare punto di immersione chiamato "Ruins Point", ed è una preziosa risorsa turistica dell'isola di Yonaguni, indipendentemente dal fatto che si tratti di un terreno naturale o di una rovina.