Per quanto riguarda la sua potenza, la città fu in grado di assicurare la propria indipendenza grazie alla dinastia dei Beni Midrar, costituita dai berberi Miknasa che avviarono già verso il 771 una politica di sostanziale amicizia con il califfato omayyade di al-Andalus. Più tardi i Mikhnasa si avvicinarono all'imamato fatimide nel corso del X secolo ma essi vennero cacciati dalle regioni dai berberi Maghrawa che si erano invece accostati alla potenza omayyade iberica.[1] Sotto i Maghrawa, Sigilmassa entrò in proficuo contatto con i Sanhaja (un altro importante gruppo tribale berbero) ma nel 1054 proprio i Sanhaja permisero all'almoravide Ibn Yasin di impadronirsi della città, imponendo una rigida osservanza sunnita ai suoi abitanti.
Una rivolta nel 1055 mise in rotta gli Almoravidi e il loro capo, Yahya ibn Umar, fu ucciso ma il suo successore, Abu Bakr Ibn Umar, piegò la rivolta nel 1056 e distrusse Sigilmassa, che non recuperò mai più il suo importante ruolo mercantile e culturale.

Sigilmassa fiorì ancora sotto i Beni Khazrun, e, dopo gli Almoravidi, cadde sotto controllo almohade. Successivamente entrò nei possedimenti della dinastia dei Merinidi. All'inizio del Trecento, secondo quanto scrivono Dumper e Stanley (p. 336), mercanti genovesi avevano ottenuto un funduq (fondaco), ossia un magazzino-emporio munito di mura: da essi il cartografo genovese Giovanni di Carignano (rettore della parrocchia di San Marco al Molo) avrebbe ricevuto molte informazioni sulla geografia nordafricana, fondamentali per la realizzazione delle mappe. Tra il 1446 e 1447 fu visitata dall'esploratore e mercante genovese Antonio Malfante, uno dei primi europei cristiani a raggiungere il Touat e riportarne informazioni e notizie.[2]

Distrutta ancora una volta nel 1363, Sigilmassa fu ricostruita per ordine del Sultano Mulay Ismail, nel XVIII secolo, Ebbe infatti qui sede la famiglia che diede origine alla dinastia alawide del Marocco.

Fu definitivamente distrutta dai nomadi di Ait Atta nel 1818.

Oggi le rovine di Sigilmassa, che si estendono a un paio di chilometri dal centro urbano di Rissani[3], sono state riconosciute dal World Monuments Fund come un sito soggetto a grave pericolo di scomparsa e custodito dal Ministero marocchino della Cultura.