Si ritiene che anche Runit, come il resto dell'atollo, abbia visto insediamenti umani sin dal 1000 a.C., quando sul posto giunsero antiche popolazioni di origine micronesiana, anche se non sono mai state trovate prove dirette di antichi insediamenti sull'isola. La sua storia moderna ha invece seguito quella dell'atollo di cui fa parte. Essa venne visitata per la prima volta da un europeo nel 1529, quando l'esploratore spagnolo Alvaro de Saavedra raggiunse Enewetak, battezzando le isole come "Los Jardines" ("I giardini").[1] Da allora le isole di Enewetak furono visitate una quindicina di volte prima che, nel 1885, nascesse una colonia tedesca nelle isole Marshall, fino ad allora reclamate dalla Spagna, con l'istituzione successiva di un protettorato da parte della Germania su tutto il territorio, atollo di Enewetak compreso, nel 1886.[2]

Nel 1914, nel corso della prima guerra mondiale, Runit fu conquistata dalla Marina imperiale giapponese e, a partire dal 1920, grazie al Mandato del Pacifico meridionale ottenuto dalla Società delle Nazioni, l'impero giapponese iniziò ad amministrare tutte le isole Marshall. In particolare, l'atollo di Enewetak fu inserito all'interno del distretto di Pohnpei, ma di fatto i giapponesi lasciarono quasi tutto in mano agli amministratori locali tradizionali fino allo scoppio della seconda guerra mondiale. Dall'inizio del conflitto, però, essi iniziarono a stanziare truppe sull'atollo, costruendovi anche diverse infrastrutture.[3]

Runit, come tutto l'atollo di Enewetak, fu tolta al controllo giapponese solo dopo la battaglia di Eniwetok ("Eniwetok" è un altro nome con cui si indica l'atollo di Enewetak), combattuta tra il 17 febbraio e il 23 febbraio 1944 e che vide vincitore l'esercito statunitense, la quale comunque coinvolse molto poco l'isola dal punto di vista dei combattimenti.[4]

 Una fotografia del 1952 dell'esplosione della bomba nucleare Ivy King, sganciata dagli USA nella parte settentrionale di Runit

Alla fine della guerra, le isole Marshall divennero parte del Territorio fiduciario delle Isole del Pacifico, un'amministrazione fiduciaria delle Nazioni Unite amministrata dalla marina militare degli Stati Uniti d'America dal 1947 al 1951 e dal dipartimento degli interni statunitense dal 1951 al 1986. Cinque giorni dopo la firma dell'accordo, la Commissione per l'energia atomica degli Stati Uniti d'America istituì i Pacific Proving Grounds,[5] ossia un'area di oltre 360000 km² riservata allo svolgimento di test nucleari (che erano peraltro già iniziati l'anno precedente con l'Operazione Crossroads), che includeva anche Runit.

Negli anni della gestione statunitense, terminata nel 1986, su un totale di 43 test nucleari effettuati nell'atollo di Enewetak tra il 1947 e il 1962, ben 8 furono quelli realizzati sulla superficie di Runit, mentre altre detonazioni ebbero luogo a poche centinaia di metri dalle sue coste. Il primo fu il test Zebra, svolto il 14 maggio 1948 nell'ambito dell'Operazione Sandstone, che vide la detonazione di un ordigno da 18 chilotoni (a confronto, si pensi che Little Boy, la bomba sganciata su Hiroshima, liberò una potenza di 15 chilotoni), mentre l'ultimo fu il test Cactus, condotto il 6 maggio 1958 nell'ambito dell'Operazione Hardtack I, che liberò anch'esso 18 chilotoni di potenza. Il più potente fu invece il test King, che il 15 novembre 1952, all'interno dell'Operazione Ivy, vide la detonazione della più potente bomba a fissione mai sperimentata dagli USA, che liberò 500 chilotoni di potenza. Il test più potente realizzato nell'intero atollo fu invece il Mike, sempre all'interno dell'Operazione Ivy, che vide impiegata la prima bomba termonucleare della storia, la quale liberò una potenza di 10,4 megatoni e polverizzò l'isola di Elugelab, a circa 20 km di distanza da Runit.[6]

Quando le isole Marshall divennero indipendenti, nel 1979, Runit passò sotto il controllo del governo marshallese, anche se il pieno autogoverno fu raggiunto solo nel 1986 con il Trattato di Libera Associazione. I livelli di radioattività dell'isola, però, sono così elevati che essa non ha mai più avuto abitanti a partire dagli anni 1940.[2]