Si ritiene che il popolo Yahgan, originario del Cile meridionale, sia emigrato in questa zona più di 10.000 anni fa e vi abbia instaurato la sua tradizionale cultura di cacciatori-raccoglitori. Gli europei si imbatterono per la prima volta in loro e nell'area all'inizio del XVI secolo. Fu solo nel XIX secolo che gli europei iniziarono ad interessarsi all'area per lo sviluppo; le sue città avevano talvolta fornito navi per la caccia alle balene.

Alla fine del XIX secolo, fu scoperto l'oro nella regione, attirando masse di migranti in cerca di fortuna. Nel 1890 c'erano circa 300 minatori d'oro nelle isole Picton, Lennox e Nueva ed a Puerto Toro, fondata nel 1892.[1] Puerto Navarino, sul lato ovest dell'isola di Navarino, fu fondata nel giugno del 1938. Inoltre, alcune isole furono usate per supportare l'allevamento di pecore e le esportazioni di carne e lana divennero importanti.

Puerto Williams viene fondata nel 1953, sviluppata principalmente come base navale per il Cile. La cittadina deve il proprio nome all'Ammiraglio Juan Williams Rebolledo, il quale fondò Fuerte Bulnes sulla Penisola di Brunswick nel XIX secolo. Il suo ospedale navale è stato aperto nel 1960.[2] Nel 2002 l'alimentazione elettrica è stata trasferita dalla Marina cilena a un fornitore privato.[3]

Secondo il trattato di pace e amicizia del 1984 tra Cile e Argentina, Puerto Williams è il punto di partenza per le navi di tutte le nazioni nel traffico tra lo stretto di Magellano e i porti argentini nel Canale di Beagle.