Depositi di uranio furono trovati nell'area di Kakadu fin dal 1953, e nel 1969 è iniziata l'estrazione dell'uranio, generando proteste da parte degli aborigeni, sia per ragioni di inquinamento ambientale che per ragioni spirituali, dato che l'area è considerata sacra. Si è giunti a un compromesso, consentendo l'attività mineraria limitatamente a dove era già autorizzata ma non estendondola ulteriormente, creando il parco nazionale a protezione del resto (due aree di estrazione, Ranger e Jabiluka, sono escluse dal parco pur essendone circondate), e riconoscendo agli aborigeni delle royalties. Il parco è stato formalmente inaugurato nel 1981, ma la sua prima sezione è stata già aperta al pubblico il 5 aprile 1979.[1]. La produzione nella miniera Ranger è cessata nel 2021, mentre quella a Jabiluka non è mai iniziata, nonostante i lavori intrapresi.