Odaiba era originariamente costituita da sei fortezze, costruite nel 1853 dallo shogunato Tokugawa per assicurare la protezione della città di Tokyo da un eventuale attacco dal mare. In quello stesso anno erano infatti giunte le Navi Nere del commodoro Matthew Perry, riconosciute come una delle minacce fondamentali alla sicurezza del paese. Daiba in giapponese significa "batteria", in riferimento ai cannoni posizionati sull'isola.

Nel 1928 la Dai-san Daiba (第三台場) o "Batteria numero 3" fu rimessa a nuovo ed aperta al pubblico come Parco metropolitano di Daiba, visitabile a tutt'oggi.

La moderna ricostruzione di Odaiba cominciò dopo il successo dell'Expo '85 a Tsukuba. L'economia giapponese stava attraversando un periodo d'oro, e Odaiba stava diventando il modello di una vita futuristica, costruita con un budget di oltre 10 miliardi di dollari. T3, come era soprannominata, doveva essere una città autosufficiente con oltre 100.000 residenti. La bolla speculativa scoppiò nel 1991, e già nel 1995 Odaiba era di fatto un'area abbandonata, sotto-popolata e piena di terreni liberi.

Nel 1996 l'area venne divisa nuovamente in zone che, oltre ad ospitare imprese ed aziende, permettessero la costruzione di distretti commerciali ed intrattenimenti, e l'area iniziò a ritornare in vita. Tokyo trovò qui, infatti, la spiaggia che non aveva mai avuto. Mentre nuovi hotel e centri commerciali aprivano, molte grandi compagnie, inclusa la Fuji TV, trasferirono le loro sedi principali sull'isola, contribuendo anche nel miglioramento dei collegamenti con la città.