La prima citazione del nome Alkmaar risale ad un documento del X secolo, ma solo nel 1254 venne eletta a pieno titolo a città.

La città ebbe un ruolo di primo piano durante la rivolta dei Paesi Bassi.

Il 24 giugno 1572, i Geuzen presero Alkmaar e catturarono i sacerdoti cattolici presenti in città. Diederik Sonoy, che era stato appena nominato governatore della Frisia Occidentale da Guglielmo I d'Orange, fece trasferire i religiosi ad Enkhuizen, città di cui era sindaco. Sonoy promise ai prigionieri che li avrebbe rilasciati se avessero abiurato il cattolicesimo e si fossero convertiti al protestantesimo. Quando questi rifiutarono, anche dopo essere stati sottoposti a tortura, furono impiccati il 25 giugno 1572.[1] (cfr. Martiri di Alkmaar).

Nel 1573 la città, ora saldamente in mano ai ribelli, respinse con successo l'assedio delle forze spagnole guidate da Fernando Álvarez de Toledo. Fu una svolta durante la guerra degli ottant'anni e generò l'espressione Bij Alkmaar begint de victorie ("La vittoria comincia ad Alkmaar"). L'evento ancora è celebrato ogni anno a Alkmaar l'8 ottobre, il giorno in cui l'assedio si concluse.

Nel 1799, durante le guerre rivoluzionarie francesi, un corpo di spedizione anglo-russo occupò la città, ma infine fu sconfitto nella battaglia di Castricum. La vittoria francese è commemorata sull'Arco di Trionfo a Parigi come " Alcmaer".

Nella seconda metà del XX secolo, Alkmaar si è espansa rapidamente e il 1º ottobre 1972 la città di Oudorp e le parti del sud di Koedijk e di Sint Pancras si sono aggiunte al comune di Alkmaar.