È di origine celtica e fu chiamata Wimara. Nel X secolo il re Ramiro II di León diede un convento alla contessa Mumadona Dias attorno al quale si consolidò l'insediamento, pertanto la contessa è considerata la fondatrice della città che divenne la capitale della contea di Portucale data nel 1095 da Alfonso VI re di Castiglia e León al genero Enrico di Borgogna che fissò vi la sua residenza. Alla sua morte il figlio Alfonso Henriques si ribellò alla reggenza della madre appoggiata dai sovrani del Leon e si mise a capo di cavalieri che combatterono gli spagnoli del regno per l'indipendenza, che ottenne nel 1128 con la vittoria nella battaglia di São Mamede a pochi chilometri dal castello di Guimarães. Alfonso Henriques si diede allora a combattere gli Arabi che ancora occupavano il sud e li vinse definitivamente nel 1139 nella battaglia di Orique. Si fece proclamare re e da lui si fa iniziare il Regno del Portogallo. La prima capitale ufficiale sarà Coimbra e nonostante la conquista di Lisbona nel 1147, quest'ultima divenne capitale solo con il re Alfonso III nel 1255. Grazie all'intraprendenza dei suoi borghesi si sviluppò nel XVI secolo come polo manifatturiero portoghese e tale è tuttora.